Tratamiento contra el cáncer usando bacterias...

Bacterias que son capaces de colapsar tumores en perros y humanos...

Tomado de: NEWS SCIENCIE MAG

Una inyección llena de nocivas bacterias suena como la última cosa que un paciente con cáncer necesita. Sin embargo, un estudio recientemente publicado que tumores en perros, e inclusive en uno de una paciente humana, reveló que inyectando cierto tipo de bacterias directamente en los tumores provoca que éstos se destruyan, o inclusive desaparezcan. Los resultados refuerzan el hecho de que es posible tratar el cáncer usando bacterias, algo que parecía poco funcional para ensayos clínicos.

La disminución o desaparición de los tumores mediado por infecciones bacterianas había sido descrito desde hace no menos de 200 años. William Coley, un cirujano de la ciudad de Nueva York, fue el primero en probar esta idea. En la década de 1980, Coley inició terapias en pacientes con cáncer para combatir los tumores, inyectándolos con dosis de bacterias vivas del género Steptococcus. Después de que dos de los pacientes murieran por las infección provocada por el tratamiento con bacterias vivas, cambió el método, esta ve administrando bacterias muertas. Así terminó tratando a más de 1000 pacientes con lo esta técnica, que después se conocería como las toxinas de Coley. En algunas ocasiones Coley inyectaba las bacterias directamente en los tumores, en otras lo hacía al torrente sanguíneo, y muchos de sus pacientes sobrevivían en ambos casos. Sin embargo, la aparición de otros tratamientos como la radiación, quimioterapia y cirugía marginaron la estrategia de Coley a los libros de texto. Pero, en 1999, un re-análisis sobre algunos de los casos de Coley confirmó que la tasa de éxito con el tratamiento de Coley era muy similar a las terapias actuales contra el cáncer.

Intentos reciente por reavivar el tratamiento del cáncer con bacterias ha tenido muchos obstáculos. Por ejemplo, un ensayo clínico en el que los pacientes recibieron dosis intravenosas de una cepa débil de Salmonella, demostró que el tratamiento era inocuo, pero no tenía un impacto significativo sobre los tumores. Por más de una década, el genética e investigador en cáncer Bert Vogelstein de la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, Maryland, y sus colaboradores han investigado una bacteria diferente: Clostridium novyi. Esta bacteria anaeróbia, habitante del suelo, resulta ser pariente de la bacteria que provoca el botulismo (Clostridium botulinum). El oxígeno dentro de los tumores es escaso, y estas bacterias "aman las áreas donde hay poco oxígeno", dice Saurabh Saha, un investigador sobre el cáncer en la empresa BioMed Valley Discoveries Inc. en Kansas City, Missouri y además coautor de este estudio que apareció disponible en línea hoy en la revista Science Translational Medicine. "Las bacterias crecen, se dividen y matan a las células cancerosas", dijo Saha. Estos investigadores autores del artículo sugieren que las bacterias liberan enzimas que destruyen a las células que forman el tumor, y después hacen un festín de los sobrantes celulares.

Los investigadores encontraron que inyectando esporas de las bacterias directamente en tumores cerebrales favoreció la sobrevivencia de ratas de laboratorio. Pero los tratamientos experimentales en roedores no suelen tener ser efectivos en personas, así que los investigadores decidieron probar este tratamiento en modelos animales más similares a lo que ocurre en personas. Entonces fue que eligieron trabajar con perros. Al igual que en personas, los perros son animales genéticamente más diversos que lo roedores utilizados en laboratorio. Y como los tumores en humanos, los de los perros brotan de manera espontánea. Esto último contrasta con el hecho que en roedores usualmente se induce la formación de tumores por diferentes tratamientos.

Saha y colaboradores inyectaron esporas de C. novyi directamente en tumores de 16 perros mascota, cuyos dueños ya no tenían más alternativas para tratar a sus mascotas. En 6 de los perros tratados, los tumores colapsaron o desaparecieron, y en otros 5 perros los tumores dejaron de crecer. Muchos de los perros necesitaron de cirugía para limpiar las heridas que dejaron los tumores al desintegrarse.

Animados por los resultados en estudios animales, los investigadores iniciaron un ensayo de seguridad para tratamiento en personas. La primer persona que recibió el tratamiento fue una mujer cuyo tumor abdominal había hecho metástasis a diferentes partes de su cuerpo, incluyendo su hombro derecho. Aunque los científicos inyectaron menos del 1% de la dosis de bacterias que aplicaron en los tratamientos con los perros en la metástasis del hombro de esta mujer, el crecimiento del mismo se vio disminuido. Sin embargo, el tratamiento conllevó un efecto secundario inusual: el tumor se había introducido dentro del hueso húmero, aparentemente dando soporte físico al brazo. La destrucción de las células del tumor conllevó la fractura del hueso, lo que necesitó cirugía para ser reparado. Eventualmente, la paciente murió a causa de los otros tumores como consecuencia de la metástasis.

Los científicos previamente describieron que las bacterias no sólo destruyeron las células del tumor, también estimularon al sistema inmune para atacar al cáncer. Y debido a que la bacteria sólo puede crecer en ausencia de oxígeno -como ocurre dentro del tumor-, el tratamiento es específico. Como mencionó Saha: "El tratamiento discrimina entre células del tumor y células normales". Los científicos planean continuar con los ensayos de seguridad y determinar cuáles tipos de tumores responderán a la terapia con bacterias.

Saha y colaboradores alteraron genéticamente a las bacterias para hacerlas menos dañinas a las personas. Además las bacterias mueren al estar en contacto con oxígeno, lo que limita su capacidad de dispersarse. Sin embargo, algunos de los perros y humanos recibieron antibióticos, y doctores y cuidadores usaron medidas de sanidad estándar, tales como usar trajes protectores y guantes.

Este estudio es trascendente porque es una "prueba de concepto" de que este método en particular posee actividad anti-tumoral en tumores reales y no sólo en tumores inducidos en ratones de laboratorio bajo condiciones controladas, dice Douglas Thamm, un biólogo del cáncer y oncólogo veterinario del Flint Animal Cancer Center de la Universidad Estatal de Colorado en Fort Collins. Los doctores quizá necesiten usar este tratamiento a la par de otras terapias, como la radiación, para barrer de fondo cualquier célula tumoral que haya escapado a las bacterias, dice.

"Es un buen e importante artículo científico", añade el bióloga del cáncer Robert Hoffman de la compañía AntiCancer, una compañía de biotecnología con base en San Diego, California. Él y sus colaboradores han demostrado que una cepa diferente de Salmonella a la usada previamente en ensayos clínicos fue capaz de erradicar varios tipos de tumores en ratones de laboratorio. Sin embargo, aún no han realizado estudios en pacientes humanos, dijo.

Una preocupación acerca del nuevo método es que la mayoría de los pacientes no mueren por causa del tumor original, sino por la metástasis. A Thamm y Hoffman les preocupa que la aplicación directa de C. novyi al tumor no afectará a las metástasis. "Si se pretende que la terapia bacteriana sea efectiva y ampliamente disponible", dice Hoffman, "debe también dirigirse hacia las metástasis".

Autor por correspondencia:

Saurabh Saha, M.D., Ph.D.

Entrepreneur-in-Residence

Board Member

Member of the Executive Committee

Tomado de Science Magazine
El artículo lo pueden encontrar en esta liga: Science Translational Medicine


Share the knowledge, get interested in Science....
DRL.

Deep ocean species discovered

 

A new species has been discovered in one of the most remote and inaccessible parts of the ocean previously thought to be entirely free of fish. The new type of snailfish was found living at a depth of 7,000 metres in the Peru-Chile trench of the south-east Pacific Ocean.

Mass groupings of cusk-eels and large crustacean scavengers were also discovered living at these depths for the first time, the researchers said. The findings, in one of the deepest parts of the ocean on the planet, were made by a team of marine biologists from the University of Aberdeen, New Zealand and Japan.

The team used deep-sea imaging technology to take 6,000 pictures at depths between 4,500 metres and 8,000 metres within the trench. Alan Jamieson, who led the expedition said: “Our findings, which revealed diverse and abundant species at depths previously thought to be void of fish, will prompt a rethink into marine populations at extreme depths.”

This expedition was prompted by findings in 2008 and 2009 off Japan and New Zealand when the researchers discovered a new species of snailfish inhabiting trenches there with each trench home to its own species of the fish.

 Deep secrets: A snailfish discovered at a depth of 7,000 metres in the Peru-Chile trench. (Photo: Alan Jamieson, Oceanlab, University of Aberdeen.)

 

“To test whether these species would be found in all trenches, we repeated our experiments on the other side of the Pacific Ocean, some 6,000 miles from our last observations,” said Jamieson.

During the three-week expedition of the research vessel Sonne, the researchers used state-of-the-art deep-sea imaging technology, including an ultra-deep free-falling baited camera system, to take images deep into the trench.

A species of cusk eel gathered at the camera and fed on the bait for the full day of deployment. “Further research needs to be conducted to decipher whether this is an entirely new species of cusk eel that we have discovered,” the researchers said.

The expedition was the seventh to take place as part of Hadeep, a collaborative research project between the University of Aberdeen's Oceanlab, the University of Tokyo's Ocean Research Institute and with support from New Zealand's National Institute of Water and Atmospheric Research (Niwa). The Hadeep team has been investigating extreme depths across the globe for three years. The results have been photographs of the world's deepest-living fish for the first time.

The team also discovered a species of amphipod crustacean scavengers which they previously did not know existed at such depths and in such great numbers.

Niamh Kilgallen, an amphipod expert from Niwa said: “The sheer abundance of these big amphipods was overwhelming, particularly at 7,000–8,000 metres, which is much deeper than they have been found in any other trench. It begs the question of why and how they can live so deep in this trench but not in any other.”

These findings “prompt a re-evaluation of the diversity and abundance of life at extreme depths,” said Jamieson. “Each of the deep trenches across the globe hosts a unique assembly of animals which can differ greatly from trench to trench. The immense isolation of each trench draws parallels with island evolution popularised by Darwin's finches,” he said.

Current Biology, Volume 20, Issue 21, R909-R910, 9 November 2010

doi:10.1016/j.cub.2010.10.043

http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(10)01347-3

Saludillos!

Prueba de Windows Live Writer

 

Este post es una prueba del software Windows Live Writer. Se supone que desde el sistema operativo de Windows es posible acceder a la página de tu blog y escribir entradas para su posterior publicación.

 

Así que allí voy, espero que esto funciones y de paso intentaré poner una imagen para ver si funciona también esto.

 

Saludillos!!

Uff.. sólo el comienzo o ya por fin a terminar? :P

Super chingón me gustaría comentar por esta entrada que por fin terminé de escribir mi tesis. Me siento algo preocupado porque me falta mi tutorial pero al menos estoy contento de que ya voy a terminar mi posgrado.

Aqui les dejo este wordle realizado con todo el texto propio de mi discusión y conclusiones.

Saludillos!!

Windows 7 TuneUp post

After a long period of no posting -again-, now I will spent this post on describing a software very useful for maintenance of your computer as well as to optimize it. Here you have a little description as well as the links for the website where you can find out more about this awesome software.

Windows 7 TuneUp

Windows 7 TuneUp suite is your all-purpose tool for better PC maintenance and security. Plus, it protects your computer from system crashes, repairs and maintains your PC health, removes unneeded Internet clutter, regains valuable disk space, cleans your registry and tweak windows to perform better.

Main Features:

* Support Windows XP/Vista/7
* Eliminates system crashes, freezes and slowdowns
* Automatically identifies and repairs common Windows problems
* Eliminate BSOD (Blue Screen of Death)
* Speeds up boot up time
* Repairs defects by building a fresh registry
* Compacts registry by removing gaps and unused space
* Removes fragmentation with a linear and sequential registry
* Improves system performance due to faster registry load/read
* Finds and deletes duplicate files of any type
* Saves space on your hard drive
* Extends internal system uninstaller with features to find and delete left traces (e,g registry keys, folders etc.)
* Improves your Windows PC's overall performance and stability
* Question based services and drivers tune up
* Automatically tweaks system services and drivers for better performance
* Recovers CPU & Memory usage taken by unneeded services and drivers
* Full control of the programs that are loaded during Windows startup
* Add/remove/edit startup items
* Task scheduler configurator
* Cleans Browser History
* Cleans history index.dat file content in Internet Explorer.

Feel free to get information about product here: WEBSITE

I know, I know but this is interesting... Scientists. Do you believe in God?

I know I said something about my "last post of year" but I found something interesting that I wanted to post right now before the end of the year so we can think a little about it. It's not a post of mine, so, someway the former post will still be the last post of the year... my english still sucks... Hope you actually understood what I wrote above.

Well, here it goes. Hope you enjoy it the way I did.
Happy Holidays!

Source: Bitesize Bio

Perhaps at no other time of year like the winter solstice is the mixture of religious beliefs and daily life more intertwined. Most people, regardless of race and country of origin, come from a faith that believes in God or a Higher Power.

As scientists, it is a widely held belief that we do not believe in God because of our passion for truth. Some think that science and God do not mix and cannot mix; that you cannot be a scientist and actually believe in a higher power or a universal source of knowledge that is not measurable by any lab test.

My experience of what scientists believe

When I speak to my colleagues and friends in the science community, I actually find the opposite belief to be true. Most people I speak to not only believe in God, but in the paranormal, spiritual, and supernatural. We can’t measure any of this with a DNA or RNA test, yet for some, proof is not always something you can hold in your hand. What I have found is that for most scientists, their own experience is proof enough.

This makes sense to me because as scientists, we are trained to have an open mind and to not let our personal biases sway our results. Scientists need to be open to any and all possibility in order to make progress. So a scientist who has experienced divine guidance or intervention, while knowing that there is no explanation with physical laws on how such a thing could have happened, has all the evidence they need to know fact from fiction.

The stats

The stats say that the split is about 50-50 of those who believe in God and those who do not. A survey taken by the American Association for the Advancement of Science (AAAS) in May and June of this year and reported by David Masci in the Los Angeles Times, found that 51% do believe in God and 41% do not. These numbers haven’t changed much over the last 100 years either, despite the numerous discoveries in evolution and biochemistry over the years.

The same poll found that 41% of chemists believe in God while scientists in the fields of biology and medicine were much less likely to believe in God (32%). In terms of age, the younger generation of scientists (18-34) are more likely to believe in God than their senior colleagues.

In comparison, the scientific community tends to believe less that the general public do. 95% of American adults say they believe in a God or higher power and only 32% believe in evolution whereas 87% of scientists believe that life evolved over time.

Based on this data, it would suggest that for many of us, science and religion are not necessarily incompatible and one does not need to choose between the two. We can believe in a higher power and evolution. We can experience things not explainable by science and not need to write it down in a lab notebook as proof it happened.

Many of our scientific predecessors believed in God; Sir Francis Bacon (1561-1627), Rene Descartes (1596-1650), Robert Boyle (1791-1867), Gregor Mendel (1822-1884), and Albert Einstein (1879-1955). Even under persecution for teaching that the sun was the center of the universe, Galileo Galilei (1564-1642) maintained his faith in God. And Galileo had no proof that his theory was true using the tools available to him at the time.

Brilliant minds over the ages have recognized that there are some things we can’t explain but that doesn’t mean they aren’t true. Sometimes all you have to base your theories on is a hunch or a feeling or indirect evidence that there is more to this than meets the eye. Does it mean we reject everything that doesn’t fit our cozy model because we can’t measure it in a test tube? No. It means we keep an open mind until we can.

Here’s what I think

I love science because I love the process of solving the riddle and uncovering the clues to unraveling whatever problem I am trying to solve. I love the process of discovery and not just the end result. Fortunately for us scientists, there is an infinite number of puzzles to tackle in the universe and things to discover. Thank God for keeping a few things secret.
About the author:

Suzanne Kennedy
Suzanne is Director of R&D at a small biotech company in California. She has a PhD in Microbiology and Immunology from Virginia Commonwealth University.

I found this post very interesting because it's something everyone thinks and actually cares but just some people talk about. I must say I beleive in something more, something hidden, something that we cannot see with our eyes but we feel and try to understand not with our eyes, ears or senses but our soul perhaps (hope someone else believes in soul as well as I, hehe).

Saludillos!!
C'ya!

Feliz Navidad y Próspero Año Nuevo. Happy Holidays!

Sé que es una de las frases más trilladas en estos tiempos, y que muchas veces la decimos sin una verdadera intención y deseo de que se haga realidad para quien se lo deseamos. Así que, sinceramente, les deseo una feliz navidad y un próspero año nuevo. De corazón deseo que sus metas lleguen a cumplirse y que sus deseos sean alcanzados, no por simple intención, sino por su propio esfuerzo y dedicación, por convicción. Así como aprovechar el año que viene para hacer lo que no se hizo o dejar de hacer lo que no fue provechable.
Este será la última entrada de este blog en este año. Nos veremos el próximo con más aventuras.
Espero Grado Reactivo levante y podamos ver nuevas entradas el próximo año, pues creo que tiene mucho que dar nuestro compañero Rotcives.


I know the phrase Merry Christmas and happy new year is a well-known phrase thesedays, but I must say also that many times we don't really say it from the bottom of our heart. So here I come: "Merry Christmas and Happy New Year!". I really wish you the best. This is a time for thinking in things that we did, things that we didn't do but should be done, or things that would be better stop doing. Every year is a new opportunity to take care of the important things and to try to be a better person as well as to enjoy every happy moment, no matter the bad things or the hard situation that we are passing at this moment.

So this will be the last post of my blog within this year. I'll see you next year!
Happy holidays!

Saludillos!!

Nuestro personaje del Mes: Fredrik Ronquist

Bueno, tarde pero sin sueño, les dejo a continuación una entrada mensual que empieza a ser clásica en este blog, titulada Nuestro personaje del Mes.

Well this post is becoming a tradition in this blog, every month I'll post a special review of a prestigious researcher, writing down some of his/her bibliography, research areas and published papers. Hope you enjoy it. If you have comments or ideas for new researchers let me know about them.

Bueno este post lo dejo en inglés porque sé que mis "asiduos" lectores están capacitados en el idioma inglés y porque además tengo alguno que otro gringo que visita my blog.


Dr. Fredrik Ronquist
Personal data: Born 9/28/1962, married with Eva, three children born 1990 (Ebba), 1992 (Filippa) and 1995 (Axel)
Home address: 3711 Longfellow Road, Tallahassee, FL 32311, USA, (850) 878 0728
Work address: School of Computational Science, Florida State University, Tallahassee, FL 32306-4120, USA, voice (850) 645 1325, fax (850) 644 0098
Email: ronquist@csit.fsu.edu

Dr. Fredrik studied a PhD in Upsala University in Sweden. He studied the comparative morphology, phylogeny, and evolution of cynipoid wasps. Then he spent few years at the Swedish Museum of Natural History in Stockholm. Then He went to Florida State University in 2003 to join the computational evolutionary biology group at the School of Computational Science.

I guess Fredrick has done many stuff related to taxonomy and systematics, but he is well know because of his efforts in computational biology and phylogenetics. He got involved in the development of parsimony methods for the study of coevolution and biogeography (DIVA and TreeFitter) and more recently Bayesian MCMC methods for phylogenetic inference (MrBayes), which is coautor with John Huelsenbeck.

Nowadays he is involved in many research projects, I'll just name few ones:
1.- Extending Bayesian Phylogenetics
2.- Morphbank
3.- HymAToL
4.- PCC
5.- The Swedish Taxonomy Initiative

Also, Fredrick has been involved in teaching courses in entomology, evolutionary biology, phylogenetics and comparative genomics, mostly at the advanced undergraduate or graduate level. There are several lectures online available related to phylogenetics.

His current work address is School of Computational Science, Florida State University, Tallahassee, FL, where he has a lab with some students doing phylogenetic research.

Well, there are many things to say about this experienced researcher in phylogenetics, but I'm about to finish this post writing down some of his published papers, and also the link for the website of Ronquist Lab, just in case you are interested on looking for more information about him and his projects.

LIST OF PUBLICATIONS
in press

Nieves-Aldrey, J. L., Vårdal, H. and F. Ronquist. In press. Comparative morphology and evolution of cynipoid larvae. Zoologica Scripta.

Ronquist, F., Huelsenbeck, J. P. and T. Britton. 2004. Bayesian supertrees. In: Bininda-Emonds, O. R. P. (ed.), Phylogenetic Supertrees: Combining Information to Reveal the Tree of Life. Kluwer, Amsterdam. Proofs

2004

Ronquist, F. Bayesian inference of character evolution. Trends in Ecology and Evolution 19: 475-481.

Altekar, G., S. Dwarkadas, J. P. Huelsenbeck and F. Ronquist. 2004. Parallel Metropolis-coupled Markov chain Monte Carlo for Bayesian phylogenetic inference. Bioinformatics 20: 407-415.

Nylander, J., F. Ronquist, J. P. Huelsenbeck and J. L. Nieves-Aldrey. 2004. Bayesian phylogenetic analysis of combined data. Systematic Biology 53: 47-67.

Sanmartín, I. and F. Ronquist. 2004. Southern Hemisphere biogeography analyzed with event-based models: Plant versus animal patterns. Systematic Biology 53: 216-243.

2003

Ronquist, F. and U. Gärdenfors. 2003. Taxonomy and biodiversity inventories: Time to deliver. Trends in Ecology and Evolution 18: 269-270.

Ronquist, F. and J. P. Huelsenbeck. 2003. MRBAYES 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19: 1572-1574.

Vårdal, H., Sahlén, G. and F. Ronquist. 2003. Morphology and evolution of the cynipoid egg (Hymenoptera). Zoological Journal of the Linnean Society 139: 247-260.

2002

Sanmartin, I. and F. Ronquist. 2002. New solutions to old problems: widespread taxa, redundant distributions and missing areas in event-based biogeography. Animal Biodiversity and Conservation 25:75-93.

Fontal-Cazalla, F. M., Buffington, M., Nordlander, G., Liljeblad, J., Ros-Farré, P., Nieves-Aldrey, J. L., Pujade-Villar, J. and F. Ronquist. 2002. Phylogeny of the Eucoilinae (Hymenoptera: Cynipoidea: Figitidae). Cladistics 18:154-199.

Huelsenbeck, J. P. H., Larget, B., Miller, R. E. and F. Ronquist. 2002. Potential applications and pitfalls of Bayesian inference of phylogeny. Systematic Biology 51:673-688.

Rokas, A., J. A. A. Nylander, F. Ronquist and G. N. Stone. 2002. A maximum-likelihood analysis of eight molecular markers in gallwasps (Hymenoptera: Cynipidae): Implications for insect phylogenetic studies. Molecular Phylogenetics and Evolution 22:206-219.

Ronquist, F. 2002. Parsimony analysis of coevolving species associations. Pp. 22-64 in R. D. M. Page, ed. Tangled trees: Phylogeny, cospeciation and coevolution. University of Chicago Press, Chicago. ms ()

2001

Huelsenbeck, J. P. & Ronquist, F. 2001. MRBAYES. Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics 17: 754-755.

Huelsenbeck, J. P., F. Ronquist, R. Nielsen and J. P. Bollback. 2001. Bayesian inference of phylogeny and its impact on evolutionary biology. Science 294: 2310-2314.

Nylin, S., K. Nyblom, F. Ronquist, N. Janz, J. Belicek, and M. Källersjö. 2001. Phylogeny of Polygonia, Nymphalis and related butterflies (Lepidoptera: Nymphalidae): a total-evidence analysis. Zoological Journal of the Linnean Society 132: 441-468.

Ronquist, F., and J. Liljeblad. 2001. Evolution of the gall wasp-host plant association. Evolution 55: 2503-2522.

Ronquist, F., and J. L. Nieves Aldrey. 2001. A new subfamily of Figitidae (Hymenoptera: Cynipoidea). Zoological Journal of the Linnean Society 14: 483-494.

Sanmartín, I., Enghoff, H. and F. Ronquist. 2001. Patterns of animal dispersal, vicariance and diversification in the Holarctic. Biological Journal of the Linnean Society 73: 345-390.

2000

Zink, R. M., R. C. Blackwell-Rago, and F. Ronquist. 2000. The shifting roles of dispersal and vicariance in biogeography. Proceedings of the Royal Society of London B 267:497-503.

Ros-Farré, P., F. Ronquist, and J. Pujade-Villar. 2000. Redescription of Acanthaegilips Ashmead, 1897, with characterization of the Anacharitinae and Aspiceratinae (Hymenoptera: Cynipoidea: Figitidae). Zoological Journal of the Linnean Society 129: 467-488.

1999

Ronquist, F. 1999. Phylogeny of the Hymenoptera (Insecta): The state of the art. Zoologica Scripta 28:3-11.

Ronquist, F. 1999. Phylogeny, classification and evolution of the Cynipoidea. Zoologica Scripta 28:139-164.

Ronquist, F., A. P. Rasnitsyn, A. Roy, K. Eriksson, and M. Lindgren. 1999. Phylogeny of the Hymenoptera: A cladistic reanalysis of Rasnitsyn's (1988) data. Zoologica Scripta 28:13-50.

1998

Ronquist, F. 1998. Phylogenetic approaches in coevolution and biogeography. Zoologica Scripta 26:313-322.

Ronquist, F. 1998. Three-dimensional cost matrix optimization and maximum cospeciation. Cladistics 14:167-172.

Ronquist, F. 1998. Fast Fitch-parsimony algorithms for large data sets. Cladistics 14:387-400.

Liljeblad, J., and F. Ronquist. 1998. A phylogenetic analysis of higher-level gall wasp relationships (Hymenoptera: Cynipidae). Systematic Entomology 23:229-252.

1997

Ronquist, F. 1997. Dispersal-vicariance analysis: A new approach to the quantification of historical biogeography. Systematic Biology 46: 193-201.

1996

Ronquist, F. 1996. Matrix representation of trees, redundancy, and weighting. Systematic Biology 45: 247-253.

Ronquist, F. 1996. Reconstructing the history of host-parasite associations using generalised parsimony. Cladistics 11: 73-89.

Nordlander, G., Z. Liu, and F. Ronquist. 1996. Phylogeny and historical biogeography of the cynipoid wasp family Ibaliidae (Hymenoptera). Systematic Entomology 21:151-166.

I guess Ronquist is our researcher of the month because he's been spent many years working on improving phylogenetic tools for analysis and for the development of software for phylogenetic research. I think MrBayes is one the outstanding tools for phylogenetic analysis, which allows us to analyse and generate hypothesis about how evolution has shaped living organisms' life on earth.


I must say, thanks Dr. Fredrick Ronquist for our efforts on this area of research: Phylogenetics.

Saludillos!

Google_Chrome for linux... ahh, finally

Well after a long time of no-posting attitude, now I'm pretty happy to announce that Google has implemented its great web navigator for linux: Google Chrome. I've been using Chrome for a couple of months in Windows Vista and I must say it's a good web browser. So I think would be nice to test it for linux (ubuntu in my case).

I encourage you to give it a chance to Google Chrome.
I attached an image that I took from Google Chrome website just depicting the great effort done to make Chrome available for linux users.

Best regards!

Saludillos!!

Gaceta Paleogenómica

Bueno sólo quiero dejarles este nuevo documento que distribuye el lab. de DNA antiguo, que parece interesante, pues señalan algunas cosas sobre los proyectos que están realizándose y en particular sobre la aprobación del financiamiento para el proyecto de DNA antiguo sobre restos humanos del
barrio de Teopancazco de la antigua Ciudad de Teotihuacan. "..Con esto se busca dar respuesta a varias interrogantes genéticas de los grupos que poblaron esta metrópoli", dice la gaceta y creo que es interesante en el futuro analizar los resultados que salgan de esta investigación, pues permitiría hacer inferencias sobre el movimiento y dinámica poblacional de dicho lugar en aquellos momentos.

Espero sea igual de interesante para ustedes como lo fue para mi.

Saludillos!

Introducing...

Bueno, les dejo en este post una imagen de mi nuevo widget de comentarios, aquí pueden dejar sus sugerencias acerca del blog, ya sea cosas de estética, algo que le falte o simplemente quejas o comentarios ajenos a cualquiera de las entradas que he escrito a la fecha, así no gastarán cartuchos escribiendo comentarios que no se relacionen a las entradas del blog.

Sólo ocupan poner su correo, nombre (o nickname) y si quieren el lugar donde se encuentran, luego ponen su comentario y ponen una clave de letras (la parte más difícil) y listo: los comentarios se van apilando uno tras otro y pueden checar todos allí mismo.

Espero la usen y dejen sus comentarios y sugerencias extra-entradas.

Saludillos!

Nothing even little is useless... even in DNA

This is my first english-type post, so I hope you enjoy.

Figure 1.click on the image to get the abstract
It was so far accepted that dna-interacting proteins have to recognize some motifs within the DNA sequences that enable this interaction to be specific. It's been known that a DNA molecule is compose of two antiparallel strands that takes a defined tridimensional conformation and possesses two grooves within the molecule called the major groove and the minor groove. A particular sequence of nucleotide letters presents a unique array of hydrogen-bond donors and acceptors in the major groove, providing a clear mechanism for reading that sequence.


Recently, in a paper published in Nature the authors propose that not only the major groove but also the minor groove is responsible for dna-protein interaction due to the defined structure in the minor groove. Lets explain this in the next paragraph.

The width in the minor groove can vary depending on which nucleotides are present in segment of DNA. When the minor groove is narrow, the electric-field lines due to the negatively charged phosphates are focused into the groove, leading to a enhanced electrostatic potential within it (figure 2), allowing for residues like arginine present in the protein to interact with the minor groove. The authors also found that there are motifs of DNA sequences that results in a narrow minor groove, specially the so-called A-tracks (short runs of Adenine nucleotides) which have been implicated in DNA structure and nucleosome recognition.

Figure 2.The minor groove is directly involved in dna recognition.

In the paper cited above, it was used a equation to resolve the electrostatic potential of the minor groove and the difficulty of using this equation is that it requires high-resolution three-dimensional structures of proteins-DNA complexes.

After all, I encourage you to read the paper since it looks quite interesting, because, as many of the recent-published papers within the last months, this one shows us again that there are many stuff hidden in the DNA, waiting to be discovered.

Espero le entiendan, de cualquier forma les dejé los links para el paper y el comentario sobre éste (Figura 1).

Saludillos!!

Cómo hacer búsquedas en Pfam

Bueno por medio de este post quiero dar un pequeño tutorial de cómo se puede, a partir de una (s) secuencia (s) de aminoacidos de algún (os) gen (es) de interés realizar una búsqueda de dominios a nivel de proteína.

Pero, primero lo primero. ¿Cuál es la explicación detrás de la búsqueda de dominios en proteínas usando el sitio de Pfam? Pues a continuación lo describiré en palabras suaves y comprensibles.

Para empezar, todas las proteínas poseen una o más regiones funcionales, comúnmente denominadas dominios (domains, en inglés). Por tanto, determinar los dominios presentes así como su orden en la secuencia nos permitiría conocer un poco más sobre su función.

Pfam surgió un como un proyecto el cual contempla la creación de una base de datos de dominios presentes en familias de proteínas. Para lograr esto, Pfam utiliza el principio de múltiples alineamientos de secuencias usando modelos ocultos de Markov (HMMs, por sus siglas en inglés. Les dejo este PAPER para que descargen un pequeño paper que describe que es un HHM y sus aplicaciones).

Un Modelo Oculto de Markov, en resumidas cuentas, forma una base probabilistica por medio de la cual se resuelven problemas complejos. Básicamente se generan dos cadenas de información, la primera es el estado de la ruta subyacente (lo que no vemos, por ello es oculto [hidden]) y segundo, la secuencia observada, es decir el resultado de la transición. Si lo pudieramos ejemplificar con una secuencia de DNA, entonces diríamos que la secuencia observada es un cambio de Adeninda a Guanina, y el estado de la ruta estaría dado por la probabilidad de dicha transición. Otra cosa importante de los HMMs es que los estados actuales no dependen de los anteriores, es decir la probabilidad de cambio de un estado a otro no se ve influenciada por el cambio o estado anterior, así se van construyendo cadenas de Markov, que corresponde precisamente al estado de la ruta subyacente; por último, se dice que es un modelo oculto porque no conocemos el estado anterior, es decir si tenemos dos secuencias de dna que tiene un polimorfismo sólo conocemos el estado actual de cada de ellas, pero no la ruta de cambio de dio origen a dicho polimorfismo.

Regresando a Pfam después de este viaje por Markov, hablaremos de cómo está estructurada la base de datos en general. Pfam database se compone de dos niveles de calidad o control: Pfam-A y Pfam-B. Las primeras son generadas a partir de una base de datos de nombre Pfamseq, la cual se construye a partir de las versiones más recientes de UniProtKB. Cada familia de Pfam-A consiste en un alineamiento base (o seed, como se dice en inglés) debidamente corregido que contiene un pequeño set de miembros representativos de la familia (en este caso familias de proteínas claro está, con sus respectivos dominios), así como un perfil de búsqueda por HMMs construido a partir de esta base y un alineamiento completo automatizado, el cual contiene todas las secuencias de proteínas pertenecientes a dicha familia, definido por búsquedas usando perfiles de HMMs de bases de datos de secuencias primarias.

Las familias Pfam-B son familias no anotadas y de baja calidad, generadas a partir de clústers no redundantes obtenidos de un algoritmo conocido como ADDA que identifica dominios en alineamientos de secuencias de proteínas usando máxima verosimilitud. Este tipo de familias se utilizan cuando no se han reconocido dominios usando búsquedas con Pfam-A.

Las entradas en Pfam se clasifican como:

Familia:
Una colección de proteínas relacionadas

Dominio:
Una unidad estructural que puede ser encontrada en múltiples contextos proteícos.

Repetido:
Una corta unidad que es inestable de manera aislada pero que forma una estructura estable cuando múltiples copias están presentes.

Motivos:
Una corta unidad (secuencia) encontrada fuera de dominios globulares.

La base de datos de Pfam agrupa las entradas en clanes, y su relación puede ser definida por similitud en secuencia, estructura o por el perfil de HMM.

Bien, ahora que ya sabemos lo básico sobre Pfam. Es hora de empezar a trabajar con esta base de datos increible. Por cierto no olviden citarlos si alguna vez llegan a utilizar esta base de datos:

The Pfam protein families database: R.D. Finn, J. Tate, J. Mistry, P.C. Coggill, J.S. Sammut, H.R. Hotz, G. Ceric, K. Forslund, S.R. Eddy, E.L. Sonnhammer and A. Bateman Nucleic Acids Research (2008)Database Issue 36:D281-D288.

Podemos emplear Pfam para hacer una búsqueda de dominios de una, dos o todo un set de secuencias de aminoacidos de interés. Pero además, podemos ver estructuras de proteínas, revisar la clasificación de estas, o inclusive descargar toda la base de datos para búsquedas locales.

Figura 1. Página de inicio de Pfam
En fin, el interes de este post es sólo realizar una búsqueda de dominios usando ya sea una secuencia o un set de secuencias.

Primero, si queremos realizar una búsqueda de dominios de una secuencia, entonces ingresamos a la página de Pfam, y veremos un deplegado como el de la figura 1. De alli damos click en el link que dice "SEQUENCE SEARCH" y aparecerá a un costado derecho una caja de texto donde podemos pegar nuestra secuencia de aminoacidos. Si lo hacemos de esta manera, Pfam por default usa criterios de búsqueda convencionales, como valores de e=1, en cuyo caso seguro encontramos los dominios que buscamos y posiblemente algunos otros con valores muy bajos. En fin, después de meter la secuencia, Pfam nos mandará a una ventana donde nos dice cuál es el avance del trabajo que metimos de búsqueda (figura 2.).

Figura 2. Trabajo en espera
Si queremos buscar dominios en una secuencia, pero usando diferentes criterios como búsqueda local o global, o diferentes valores de e-value, entonces en la página inicial damos click en "SEARCH", localizado en la parte superior central. De alli nos mandará a una página (figura 3.) donde esta el recuadro para pegar la secuencia así como los parámetros que quieran modificar.

Figura 3. Búsqueda personalizada
Le damos luego a "submit" y nos mandará a la página que nos dice cómo va la chamba (figura 2.) y posteriomente nos lanzará a nueva página con los resultados de nuestra búsqueda los cuales se parecerán más o menos a los de la figura 4, donde les muestra los dominios con una figura muy pintorezca, así como una tabla con los valores del alineamiento y de la posición de los dominios en la secuencia, así como los valores de E, y los del alineamiento usando el perfil de HMM.

Figura 4. Resultados de la búsqueda de dominios
Si por otro lado, como en mi caso, tenemos un set de secuencias de aminoacidos de genes de los cuales quisieramos buscar dominios, entonces seleccionaremos una búsqueda avanzada en Pfam. Para ello, dentro de la misma ventana en SEARCH, al lado medio izquierdo hay otras opciones (figura 5.), seleccionamos la que dice "BATCH SEARCH", que de igual manera nos permitirá seleccionar los parámetros y subir el archivo que contiene nuestras secuencias. Ojo: hay que tener las secuencias en formato FASTA.

Figura 5. Batch search

Para este último caso, los resultados serán enviados vía correo electrónico. Y es una tabla que denota todos los parámetros, así como los valores para cada uno de ellos y es más o menos algo así:

Tabla 1. Resultados enviados por correo de la búsqueda de dominos

Espero este post les sirva para cuando quieran realizar búsquedas de dominios en sus secuencias de aminoacidos. Tambien pueden usar SMART, pero en lo personal, Pfam me gusta más por su interfaz y por que es más amigable para realizar búsquedas.

Saludillos!

Un poco de humor...

Saludillos!

Nuestro personaje del Mes

Para este mes de Octubre de 2009, propongo tomar como "nuestro personaje del mes" a Joseph Felsenstein, cuyo nombre suena fuerte junto con quienes han contribuido en el estudio y análisis filogenéticos, así como la producción de software para análisis filogenético.



A continuación les pongo una pequeña biografía tomada de Wikipedia (y no es chafear) sobre su vida y estudios.

Tomado de Wikipedia: Joseph Felsenstein

Joseph "Joe" Felsenstein is Professor in the Departments of Genome Sciences and Biology and Adjunct Professor in the Departments of Computer Science and Statistics at the University of Washington in Seattle. He is best known for his work on phylogenetic inference, and is the author of Inferring Phylogenies, and principal author and distributor of the package of phylogenetic inference programs called PHYLIP. Closely related to his work on phylogenetic inference is his introduction of methods for making statistically independent comparisons using phylogenies (Felsenstein, 1985).

Felsenstein did his undergraduate work at the University of Wisconsin–Madison where he did undergraduate research under James F. Crow[1]. He then did doctoral work under Richard Lewontin in the 1960s, when he was at the University of Chicago[2], and did a postdoc at the Institute of Animal Genetics in Edinburgh[2] prior to becoming faculty at the University of Washington.

In addition to his work in phylogenetics, he is also noted for his work in theoretical population genetics, including studies on selection, migration, linkage, speciation, and the coalescent.

Honors include membership in the United States National Academy of Sciences and receiving the Darwin-Wallace Medal in 2008 (given every 50 years by the Linnean Society of London).

Y por si fuera poco les dejo un pequeño historial de publicaciones hechas por Joe, que sin lugar a dudas son tan complicadas como interesantes.

Fuente de las publicaciones: Workshop on Molecular Evolution

Felsenstein, J. 1973. Maximum-likelihood and minimum-steps methods for estimating evolutionary trees from data on discrete characters. Systematic Zoology, 22:240-249.

Felsenstein, J. 1978. Cases in which Parsimony of Compatibility Methods Will be Positively Misleading. Systematic Zoology, 27:401-410.

Felsenstein, J. 1981. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. J. Mol. Evol., 17:368-376.

Felsenstein, J. 1983a. Inferring evolutionary trees from DNA sequences. pp 133-150 in Statistical Analysis of DNA Sequence Data, Weir, B. S. and Dekker, M. (eds.). New York.

Felsenstein, J. 1983b. Methods for inferring phylogenies: a statistical view. pp 315 in Numerical Taxonomy, Felsenstein, J. (ed.). Berlin.

Felsenstein, J. 1983c. Parsimony in systematics: biological and statistical issues. Ann. Rev. Ecol. Syst. 14:313-333.

Felsenstein, J. 1984. Distance methods for inferring phylogenies: a justification. Evolution 38:16-24.

Felsenstein, J. 1985a. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39:783-791.

Felsenstein, J. 1985b. Confidence limits on phylogenies with a molecular clock. Syst. Zool. 34:152-161.

Felsenstein, J. 1988a. Phylogenies and quantitative characters. Ann. Rev. Ecol. Syst. 19:445-471.

Felsenstein, J. 1988b. Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. Ann. Rev. Gen. 22:521-565.

Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Felsenstein, J. and H. Kishino. 1993. Is there something wrong with the bootstrap on phylogenies? A reply to Hillis and Bull. Syst. Biol. 42:193-200.

Felsenstein, J. and G. A. Churchill. 1996. A Hidden Markov Model approach to variation among sites in rate of evolution. Mol. Biol. Evol. 13:93-104.

Felsenstein, J., M. K. Kuhner, J. Yamato, and P. Beerli. 1999. Likelihoods on coalescents: a Monte Carlo sampling approach to inferring parameters from population samples of molecular data. In "Statistics in Genetics and Molecular Biology", ed. F. Seillier. IMS Lecture Notes-Monograph Series, volume 33. LAMARC.

Les dejo por último una liga hacia la página web que contiene 385 programas para llevar a cabo análisis filogenéticos, así como 52 servidores disponibles hechos por Felsenstein.

Así o más prolífico este personaje.

Saludillos!

Algunos tips para mejorar...

Bueno a petición de algunos de mis compañeros bloggeros les dejo este post mini-tutorial html para hacer algunas cosillas interesantes a la hora de redactar un post, insertar imágenes, cambiar color, estilo y tamaño de letra, entre otras cosas.

He de comentar que este es un tutorial a partir de los comandos que usualmente yo uso, si existe alguna manera distinta de hacer las cosas, o bien, mejor o más rápida, entonces son más que bienvenidas en sus comentarios.

Primeramente les menciono que los comando en html siguen una regla muy simple: siempre hay un inicio y un final, es decir, hay un comando para iniciar el formato y cuando el texto que se está modificando termina, entonces se abre un comando de término del mismo. Para ello utilizaremos los signos "<" y ">", y dentro de ellos escribiremos el susodicho comando. Para efectos de poder ver la línea de comandos, sustituiremos los signos <> por los brackets [], respectivamente. Regularmente los comando de inicio van dentro de <>, y al final se escribe el mismo comando pero acompañado de un signo /, o sea: [comando]letras, texto[/comando]. No es necesario hacer espacios entre <> de las letras o demás comandos que estén fuera de ellos, no afecta esto al comando pues lo importante es lo que está dentro de los signos <>.

Cambiar fuente, color, tamaño y atributos de letra usando html.
Primero que nada, si desean, cuando escriben un post, cambiar la fuente pueden hacerlo utilizando el comando [font face="tipo de fuente"], luego escriben el texto que deseen que tenga esta característica y luego cierran el comando escribiendo [/font]. Recuerden cambiar los brackets por signos de <>.
Nota: si su ordenador no tiene instalado el tipo de letra que seleccionan, entonces no lo podrán ver en su post, por ello hagan una prueba o busquen la fuente instalada en su PC antes de seleccionarla.

Para cambiar tamaño de letra usan el comando [font size="tamaño de letra en número"] y terminan el comando usando [/font].

Para cambiar el color de texto usaremos el comando: [font color="código de color"] y cerramos el comando usando [/font]. Pueden buscar los códigos de colores en alguna pagina de html, o bien consultar esta que es mi favorita para estas cosas: Computerhope.com.

Para agregarle atributos como cursiva o negrita que son los más comunes, usaremos los comandos [i] y [b], respectivamente. No olviden terminar el comando usando [/i] y [/b], respectivamente.

Existen diferentes tipos de edición de texto, pero creo, en general, que estos son los más comunes.

Insertar links sobre textos
Para esto usaremos un comando un poco más largo pero sencillo. Primero lo que debemos tener en cuenta son dos cosas: ¿Cuál es el sitio web al cual queremos accesar? y ¿Qué nombre queremos usar para que sirva como link?.

Una vez seleccionadas estas dos cosas, usamos el siguiente comando:
[a href="dirección del sitio al que queremos ir"]Texto que servirá de link[/a].
Y listo, con eso tendrán una liga a un sitio web usando una línea de texto, como podría ser el nombre de la página o bien una palabra clave. Ejemplo usando la línea de comandos anterior: visita el blog de Grado Reactivo

Ahora si queremos que a la hora de click en el link nos abra una pestaña nueva del navegador en vez de ir al sitio desde la misma pestaña, simplemente agregamos despues de [a href="website" el comando target="_blank" y cerramos la línea de comandos, entonces quedaría algo así:
[a href="website" target="_blank"]link[/a]

Ahora hagamos la prueba usando este código para ir al sitio de Grado Reactivo. Y dando click en el siguiente link dará como resultado visitar dicho blog pero en una pestaña diferente:

GRADO REACTIVO

Nota: esta función también aplica cuando haces imágenes que sirven como ligas a sitios web.

Hacer links a sitios web usando imágenes
Para esto utilizaremos el siguiente comando:
[p align="left"][a href="El sitio web que queremos poner como liga"][img alt="titulo alterno de la imagen" src="dirección donde esta la imagen albergada" title="lo que quieres que aparezca cuando posiciones el mouse sobre la imagen sin dar click"/][/a][/p]
Si tienen dudas sobre esto, pueden consultar el post que hice hace algunos días titulado como poner imagenes con liga hacia otro sitio

Insertar imágenes en posts
Este es un comando fácil, sólo hay que especificar la dirección de correo donde está la imagen, y podemos cambiar el tamaño de la misma. Para ello utilizaremos el comando siguiente:
[img src="dirección web donde está la imagen albergada" width="número" height="número"]
Entonces, y con esto termino, no olviden cambiar los bracktes [] por signos <>. Espero les sea de utilidad este pequeño manualito de html. En lo personal, pensé que era muy complejo, pero una vez que te aprendes los comandos básicos lo demás llega más fácil. Bueno, si tienen algunas preguntas extras o más comando que quisieran aprender, pueden revisar estas páginas:
--> Tizag.com
--> w3schools.com

Saludillos!!

Un poco de cultura o.O y comicidad ociosa

Bueno, como algo cómico les dejo ahora un video (youtube kindly provided) sobre el origen, uso y ejemplos de la palabra FUCK en inglés, que la verdad son muy divertidos...


Espero nadie se ofenda, es humor del bueno; fuerte, pero aún bueno.

Saludillos!!

Ardi al descubierto: Estreño mundial en Discovery Channel

Siguiendo lo publicado en la revista Science sobre el descubrimiento y estudio del esqueleto parcial de una hembra de 4.4 millones de años apodada "Ardi," Discovery Channel presenta un estreno mundial el domingo, 11 de octubre, a las 21:00 horas. Este programa titulado ARDI AL DESCUBIERTO, documenta la intensa investigación realizada en los fósiles de un Ardipithecus ramidus, liderada por esta prestigiosa publicación.

La investigación, que comenzó en el desierto de Etiopía hace 17 años, ahora escribe un nuevo capítulo sobre la evolución del hombre, revelando los primeros pasos evolutivos de nuestros ancestros tomados luego de divergir de un antepasado común, que en su día compartimos con los chimpancés. El esqueleto de "Ardi”, las piedras, suelo, plantas y animales que formaban parte de su vida fueron analizados en laboratorios de todo el mundo, para que ahora los científicos publiquen sus descubrimientos en la prestigiosa revista Science.

"Ardi" es ahora el esqueleto mas viejo (homínido) de nuestra rama del árbol de la familia de los primates. Estos descubrimientos etíopes revelan un grado muy temprano de la evolución del hombre en África, anterior al famoso Australopithecus apodado "Lucy". El Ardipithecus era una criatura de ambientes boscosos con cerebro pequeño, brazos largos y piernas cortas. Tanto la pelvis como los pies demuestran su forma primitiva de caminar con las dos piernas en el suelo, aunque el Ardipithecus también era un excelente trepador de árboles, con dedos largos y grandes pulgares que le permitían agarrarse con los pies como un mono. Los descubrimientos responden a viejas preguntas sobre cómo los homínidos se convirtieron en bipedales.

El equipo de investigación internacional sopesó el alcance del proyecto y sus resultados: "Estos son los resultados de una misión científica a nuestro profundo pasado africano”, manifestó el geólogo y co-director del proyecto, Dr. Giday WoldeGabrie, del Laboratorio Nacional de Los Álamos. "La anatomía que describimos en estos documentos altera fundamentalmente nuestra comprensión de los orígenes del hombre y de su temprana evolución”, comentó el profesor C. Owen Lovejoy, especialista en anatomía y biología evolutiva de la Kent State University. Tim White, profesor de paleontología y co-director del proyecto del Centro de Investigación de Evolución Humana de la Universidad californiana de Berkeley, añadió: "El Ardipithecus no es un chimpancé. No es un humano. Es lo que solíamos ser”.

ARDI AL DESCUBIERTO comienza su historia con el descubrimiento en 1974 de un Australopithecus afarensis en Hadar, nordeste de Etiopía. Apodado "Lucy," este viejo esqueleto de 3.2 millones de años de antigüedad, era hasta aquel entonces el esqueleto homínido mas antiguo jamás encontrado. Conforme a los documentos especiales de Discovery Channel, este título le fue arrebatado a “Lucy” veinte años más tarde, concretamente en 1994, por el descubrimiento de "Ardi" en la región etíope de Afar. Un equipo de elite de expertos internacionales necesitó los quince años siguientes para ensamblar meticulosamente y con mucha delicadeza a “Ardi” y a su mundo perdido, con la intención de revelar su importancia y significado.

¿Quién es Ardi?
El equipo del proyecto Valle Inundado (“Middle Awash”) trabajó durante tres años para excavar el esqueleto de Ardi en un lugar llamado Aramis, situado en el valle del Rift de la región Afar de Etiopía. El esfuerzo de recuperación involucró el trabajo de docenas de científicos de todo el mundo.

Cuando el esfuerzo de recuperación del esqueleto finalizó en 1997, el equipo había recuperado más de 125 piezas de una hembra de 4.4 millones de años de antigüedad, el esqueleto homínido más viejo jamás encontrado.

Pertenecía a una nueva criatura que los científicos clasificaron bajo el nombre de Ardipithecus ramidus. El nombre proviene del lenguaje Afar en honor a los que todavía habitan el lugar. Ardipithecus significa “mono de tierra”, mientras ramidus significa “raíz”.

El descubrimiento de este bípedo de ambientes boscosos de 4.4 millones de años de antigüedad, con los caninos pequeños, se relaciona con nuestra anatomía y fisiología sexual única, incluso con nuestras familias y nuestra forma de caminar, todos podemos estar fundamentalmente ligados a él. Y de una forma mucho más ancestral de lo que jamás imaginamos.

¿QUÉ NOS APORTA ARDI?
- Ardi es el esqueleto homínido más viejo jamás localizado.

- Los primeros homínidos se desarrollaron en un ambiente boscoso.
- Ardi niega la teoría de que nuestro último antepasado común con los grandes monos se parecía a un chimpancé.

- La transición a la bipedalidad y el cambio en la función canina ocurrió bastante antes e independientemente después de la definición de las características de los homínidos.

- Los caninos pequeños en los Ardipithecus indican un cambio profundo en el complejo comportamiento social de los primeros homínidos.

- La bipedalidad debe haber formado parte de una adaptación más grande que proporcionó una ventaja biológica importante a los primeros homínidos.

No olviden verlo por discovery channel, se emitirá el domingo, 11 de octubre, a las 21:00 horas.

Saludillos!!

La visita de los nativos

Citado de NatGeo Channel:

Tradicionalmente, los antropólogos viajan por el mundo para estudiar cómo viven las tribus perdidas. Esta vez, intercambiaremos los roles: cinco nativos viajan al Reino Unido y a los Estados Unidos para explorar la vida moderna de occidente.

No te pierdas esta espectacular serie: ¡Conoce a los nativos!

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Sin lugar a dudas, National Geographic Channel es uno de los mejores canales de televisión dedicado a ofrecer programación relacionada con ciencia, naturaleza y entorno social, político y religios, entre otros. En lo personal quiero en este post describir un poco más sobre este nuevo programa de NatGeo llamado La visita de los Nativos.

Esta nueva serie trata acerca de un documental que describe la forma y estilos de vida de la cultura occidental, propiamente de Inglaterra y Estados Unidos, pero tiene un toque particular muy interesante: quienes describen la este documental son personas totalmente ajenas a esta cultura. Sí, me refiero a un grupo de cinco nativos del pacífico sur, pertenecientes a una isla cuyo nombre es Tanna, que fueron seleccionados para ahora ser ellos quienes dirigan un documental describriendo la forma y estilos de vida de los seres humanos de occidente.

Al principio parece algo descabellado, ¿Cómo que describir algo que ya se sabe? ¿O acaso no conocemos nuestro estilo de vida particular? Pero creo que conocerlo desde una perspectiva distinta, una manera de pensar totalmente diferente nos hace a nosotros pensar acerca de lo que somos y hacemos. Para los nativos de esta serie, todo es totalmente nuevo y distinto a lo que ellos están acostumbrados, inclusive la comida y la vestimenta: mientras que ellos sólo usan taparrabos y algunos aditamentos propios (ver imagen abajo), tienen que disponerse a vestirse como nosotros lo hacemos; no les quedó de otra.


Su forma de vida es totalmente distinta: conviven con la naturaleza y se sienten parte íntima de la misma. Creen que todos los animales son semejantes a ellos y los respetan. Crían perros para comida, mascota y compañera de caza. También tienen granjas de cerdos, aunque éstos son mucho muy pequeños comparados con los que nosotros tenemos. Tienen sus propios rituales religiosos, dentro de los cuales uno muy particular es el de fumar una hierba que los comunica con los espíritus (eso no es tan extraño, por acá se hace mucho o.O), y además tienen una amplia gama de bailes ceremoniales y lugares de azueto; hasta tienen su propia bebida, denominada "cava". Tienen su propio líder de la comunidad, sacerdote, médico, y bailarín experto.


En el primer capítulo de esta serie, los nativos fueron visitados y les obsequiaron una cámara
para grabar todo lo que corresponde al programa. Faltaba decir que uno de ellos habla inglés y es el encargado de narrar durante todo el programa. Partieron rumbo a Inglaterra y fueron hospedados por una familia que cría puercos, en donde se percataron que los "métodos" de crianza son algo distintos, especialmente los que tienen que ver con la reproducción animal. También pudieron visitar un bar y tomar algunas cervezas, algo similar a lo que ellos hacen, tomando cava. Estuvo tan interesante que hasta KFC pudieron comer.

Bueno, por el momento es todo lo que les puedo decir. Pero me gustaría invitarlos a que vean esta nueva serie de NatGeo, todos los miércoles a las 9pm (horario del centro de la República), pues nos esperan nuevas aventuras por ver con los nativos.

Si quieres conocer un poco más y ver algunas fotos así como conocer a los nativos más a fondo les dejo entonces esta liga a NatGeo, en la sección del programa La visita de los Nativos.

Fuente: NatGeo Channel
Saludillos!!

Cómo poner imágenes con liga hacia otro sitio

A petición de mi compañero bloggero Vic, les dejo un pequeño manual con código html para insertar imágenes que tengan la cualidad de servir como ligas (links) hacia un sitio particular de internet.

Primero, entrar en el sitio donde están las opciones para configurar blogger. Despues dar click en la pestaña que dice Diseño.

Allí, dar click en agregar gadget. Aparecerá una ventana emergente que tiene varias opciones para seleccionar tipos de gadgets. Alli dar click en el que dice HTML-Javascript.

Posteriormente, aparecerá un recuadro que pide escribir el título del gadget y un espacio en blanco para escribir los comandos. Allí es donde escribiremos el código HTML para hacer que una imagen sirva como link a un website.

Antes que nada debemos tener disponible una imagen albergada en algún sitio de internet que sea disponible de accesar por medio de una dirección de internet. Si queremos poner una imagen hecha por nosotros entonces podemos albergarla (hosting) en un sitio como Image Hosting, sólo le damos "browse" para buscar la imagen en nuestra computadora, luego seleccionamos la opción "remove size/resolution bar from thumbnail" y luego click en host it. Si quieren cambiar la resolución de la imagen también pueden hacerlo en la opción "resize image". Luego nos mandará a una página que contiene el link directo de la imagen.



Dentro del recuadro, entonces escribrimos lo siguiente:

[p align="center"][a href="LA DIRECCIÓN DEL SITIO" height="numero" width="numero"][img src="LA DIRECCION DONDE ESTA LA IMAGEN"/][/a][/p][center][/center]

Pueden cambiar la altura y el ancho de la imagen usando el comando width="numero" y height="numero", respectivamente, y los escriben despues de donde escriban la dirección del sitio web que quieren que haga link la imagen.

El comando center es para centrar la imagen en el contexto donde vaya a estar.

Por último, sustituyan los brackets "[]" por signos "<>", respectivamente.

Y listo, eso debería de ser suficiente para mostrar su imagen con cualidad de ligar a un website en particular.

Yo hice eso con la imagen de VIVA LA EVOLUCIÓN que está en la cabecera de mi blog.

Si tienen dudas o comentarios sólo háganmelo saber. Si ocupan más códigos o comando que interesen, háganlo saber también.

Saludillos!!