El rincón natural

lunes, 28 de diciembre de 2009

I know, I know but this is interesting... Scientists. Do you believe in God?


I know I said something about my "last post of year" but I found something interesting that I wanted to post right now before the end of the year so we can think a little about it. It's not a post of mine, so, someway the former post will still be the last post of the year... my english still sucks... Hope you actually understood what I wrote above.

Well, here it goes. Hope you enjoy it the way I did.
Happy Holidays!

Source: Bitesize Bio

Perhaps at no other time of year like the winter solstice is the mixture of religious beliefs and daily life more intertwined. Most people, regardless of race and country of origin, come from a faith that believes in God or a Higher Power.

As scientists, it is a widely held belief that we do not believe in God because of our passion for truth. Some think that science and God do not mix and cannot mix; that you cannot be a scientist and actually believe in a higher power or a universal source of knowledge that is not measurable by any lab test.

My experience of what scientists believe

When I speak to my colleagues and friends in the science community, I actually find the opposite belief to be true. Most people I speak to not only believe in God, but in the paranormal, spiritual, and supernatural. We can’t measure any of this with a DNA or RNA test, yet for some, proof is not always something you can hold in your hand. What I have found is that for most scientists, their own experience is proof enough.

This makes sense to me because as scientists, we are trained to have an open mind and to not let our personal biases sway our results. Scientists need to be open to any and all possibility in order to make progress. So a scientist who has experienced divine guidance or intervention, while knowing that there is no explanation with physical laws on how such a thing could have happened, has all the evidence they need to know fact from fiction.

The stats

The stats say that the split is about 50-50 of those who believe in God and those who do not. A survey taken by the American Association for the Advancement of Science (AAAS) in May and June of this year and reported by David Masci in the Los Angeles Times, found that 51% do believe in God and 41% do not. These numbers haven’t changed much over the last 100 years either, despite the numerous discoveries in evolution and biochemistry over the years.

The same poll found that 41% of chemists believe in God while scientists in the fields of biology and medicine were much less likely to believe in God (32%). In terms of age, the younger generation of scientists (18-34) are more likely to believe in God than their senior colleagues.

In comparison, the scientific community tends to believe less that the general public do. 95% of American adults say they believe in a God or higher power and only 32% believe in evolution whereas 87% of scientists believe that life evolved over time.

Based on this data, it would suggest that for many of us, science and religion are not necessarily incompatible and one does not need to choose between the two. We can believe in a higher power and evolution. We can experience things not explainable by science and not need to write it down in a lab notebook as proof it happened.

Many of our scientific predecessors believed in God; Sir Francis Bacon (1561-1627), Rene Descartes (1596-1650), Robert Boyle (1791-1867), Gregor Mendel (1822-1884), and Albert Einstein (1879-1955). Even under persecution for teaching that the sun was the center of the universe, Galileo Galilei (1564-1642) maintained his faith in God. And Galileo had no proof that his theory was true using the tools available to him at the time.

Brilliant minds over the ages have recognized that there are some things we can’t explain but that doesn’t mean they aren’t true. Sometimes all you have to base your theories on is a hunch or a feeling or indirect evidence that there is more to this than meets the eye. Does it mean we reject everything that doesn’t fit our cozy model because we can’t measure it in a test tube? No. It means we keep an open mind until we can.

Here’s what I think

I love science because I love the process of solving the riddle and uncovering the clues to unraveling whatever problem I am trying to solve. I love the process of discovery and not just the end result. Fortunately for us scientists, there is an infinite number of puzzles to tackle in the universe and things to discover. Thank God for keeping a few things secret.
About the author:

Suzanne Kennedy
Suzanne is Director of R&D at a small biotech company in California. She has a PhD in Microbiology and Immunology from Virginia Commonwealth University.

I found this post very interesting because it's something everyone thinks and actually cares but just some people talk about. I must say I beleive in something more, something hidden, something that we cannot see with our eyes but we feel and try to understand not with our eyes, ears or senses but our soul perhaps (hope someone else believes in soul as well as I, hehe).

Saludillos!!
C'ya!

sábado, 26 de diciembre de 2009

Feliz Navidad y Próspero Año Nuevo. Happy Holidays!


Sé que es una de las frases más trilladas en estos tiempos, y que muchas veces la decimos sin una verdadera intención y deseo de que se haga realidad para quien se lo deseamos. Así que, sinceramente, les deseo una feliz navidad y un próspero año nuevo. De corazón deseo que sus metas lleguen a cumplirse y que sus deseos sean alcanzados, no por simple intención, sino por su propio esfuerzo y dedicación, por convicción. Así como aprovechar el año que viene para hacer lo que no se hizo o dejar de hacer lo que no fue provechable.
Este será la última entrada de este blog en este año. Nos veremos el próximo con más aventuras.
Espero Grado Reactivo levante y podamos ver nuevas entradas el próximo año, pues creo que tiene mucho que dar nuestro compañero Rotcives.


I know the phrase Merry Christmas and happy new year is a well-known phrase thesedays, but I must say also that many times we don't really say it from the bottom of our heart. So here I come: "Merry Christmas and Happy New Year!". I really wish you the best. This is a time for thinking in things that we did, things that we didn't do but should be done, or things that would be better stop doing. Every year is a new opportunity to take care of the important things and to try to be a better person as well as to enjoy every happy moment, no matter the bad things or the hard situation that we are passing at this moment.

So this will be the last post of my blog within this year. I'll see you next year!
Happy holidays!



Saludillos!!

miércoles, 16 de diciembre de 2009

Nuestro personaje del Mes: Fredrik Ronquist

Bueno, tarde pero sin sueño, les dejo a continuación una entrada mensual que empieza a ser clásica en este blog, titulada Nuestro personaje del Mes.

Well this post is becoming a tradition in this blog, every month I'll post a special review of a prestigious researcher, writing down some of his/her bibliography, research areas and published papers. Hope you enjoy it. If you have comments or ideas for new researchers let me know about them.

Bueno este post lo dejo en inglés porque sé que mis "asiduos" lectores están capacitados en el idioma inglés y porque además tengo alguno que otro gringo que visita my blog.


Dr. Fredrik Ronquist
Personal data: Born 9/28/1962, married with Eva, three children born 1990 (Ebba), 1992 (Filippa) and 1995 (Axel)
Home address: 3711 Longfellow Road, Tallahassee, FL 32311, USA, (850) 878 0728
Work address: School of Computational Science, Florida State University, Tallahassee, FL 32306-4120, USA, voice (850) 645 1325, fax (850) 644 0098
Email: ronquist@csit.fsu.edu

Dr. Fredrik studied a PhD in Upsala University in Sweden. He studied the comparative morphology, phylogeny, and evolution of cynipoid wasps. Then he spent few years at the Swedish Museum of Natural History in Stockholm. Then He went to Florida State University in 2003 to join the computational evolutionary biology group at the School of Computational Science.

I guess Fredrick has done many stuff related to taxonomy and systematics, but he is well know because of his efforts in computational biology and phylogenetics. He got involved in the development of parsimony methods for the study of coevolution and biogeography (DIVA and TreeFitter) and more recently Bayesian MCMC methods for phylogenetic inference (MrBayes), which is coautor with John Huelsenbeck.

Nowadays he is involved in many research projects, I'll just name few ones:
1.- Extending Bayesian Phylogenetics
2.- Morphbank
3.- HymAToL
4.- PCC
5.- The Swedish Taxonomy Initiative

Also, Fredrick has been involved in teaching courses in entomology, evolutionary biology, phylogenetics and comparative genomics, mostly at the advanced undergraduate or graduate level. There are several lectures online available related to phylogenetics.

His current work address is School of Computational Science, Florida State University, Tallahassee, FL, where he has a lab with some students doing phylogenetic research.

Well, there are many things to say about this experienced researcher in phylogenetics, but I'm about to finish this post writing down some of his published papers, and also the link for the website of Ronquist Lab, just in case you are interested on looking for more information about him and his projects.

LIST OF PUBLICATIONS
in press

Nieves-Aldrey, J. L., Vårdal, H. and F. Ronquist. In press. Comparative morphology and evolution of cynipoid larvae. Zoologica Scripta.

Ronquist, F., Huelsenbeck, J. P. and T. Britton. 2004. Bayesian supertrees. In: Bininda-Emonds, O. R. P. (ed.), Phylogenetic Supertrees: Combining Information to Reveal the Tree of Life. Kluwer, Amsterdam. Proofs

2004

Ronquist, F. Bayesian inference of character evolution. Trends in Ecology and Evolution 19: 475-481.

Altekar, G., S. Dwarkadas, J. P. Huelsenbeck and F. Ronquist. 2004. Parallel Metropolis-coupled Markov chain Monte Carlo for Bayesian phylogenetic inference. Bioinformatics 20: 407-415.

Nylander, J., F. Ronquist, J. P. Huelsenbeck and J. L. Nieves-Aldrey. 2004. Bayesian phylogenetic analysis of combined data. Systematic Biology 53: 47-67.

Sanmartín, I. and F. Ronquist. 2004. Southern Hemisphere biogeography analyzed with event-based models: Plant versus animal patterns. Systematic Biology 53: 216-243.

2003

Ronquist, F. and U. Gärdenfors. 2003. Taxonomy and biodiversity inventories: Time to deliver. Trends in Ecology and Evolution 18: 269-270.

Ronquist, F. and J. P. Huelsenbeck. 2003. MRBAYES 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19: 1572-1574.

Vårdal, H., Sahlén, G. and F. Ronquist. 2003. Morphology and evolution of the cynipoid egg (Hymenoptera). Zoological Journal of the Linnean Society 139: 247-260.

2002

Sanmartin, I. and F. Ronquist. 2002. New solutions to old problems: widespread taxa, redundant distributions and missing areas in event-based biogeography. Animal Biodiversity and Conservation 25:75-93.

Fontal-Cazalla, F. M., Buffington, M., Nordlander, G., Liljeblad, J., Ros-Farré, P., Nieves-Aldrey, J. L., Pujade-Villar, J. and F. Ronquist. 2002. Phylogeny of the Eucoilinae (Hymenoptera: Cynipoidea: Figitidae). Cladistics 18:154-199.

Huelsenbeck, J. P. H., Larget, B., Miller, R. E. and F. Ronquist. 2002. Potential applications and pitfalls of Bayesian inference of phylogeny. Systematic Biology 51:673-688.

Rokas, A., J. A. A. Nylander, F. Ronquist and G. N. Stone. 2002. A maximum-likelihood analysis of eight molecular markers in gallwasps (Hymenoptera: Cynipidae): Implications for insect phylogenetic studies. Molecular Phylogenetics and Evolution 22:206-219.

Ronquist, F. 2002. Parsimony analysis of coevolving species associations. Pp. 22-64 in R. D. M. Page, ed. Tangled trees: Phylogeny, cospeciation and coevolution. University of Chicago Press, Chicago. ms ()

2001

Huelsenbeck, J. P. & Ronquist, F. 2001. MRBAYES. Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics 17: 754-755.

Huelsenbeck, J. P., F. Ronquist, R. Nielsen and J. P. Bollback. 2001. Bayesian inference of phylogeny and its impact on evolutionary biology. Science 294: 2310-2314.

Nylin, S., K. Nyblom, F. Ronquist, N. Janz, J. Belicek, and M. Källersjö. 2001. Phylogeny of Polygonia, Nymphalis and related butterflies (Lepidoptera: Nymphalidae): a total-evidence analysis. Zoological Journal of the Linnean Society 132: 441-468.

Ronquist, F., and J. Liljeblad. 2001. Evolution of the gall wasp-host plant association. Evolution 55: 2503-2522.

Ronquist, F., and J. L. Nieves Aldrey. 2001. A new subfamily of Figitidae (Hymenoptera: Cynipoidea). Zoological Journal of the Linnean Society 14: 483-494.

Sanmartín, I., Enghoff, H. and F. Ronquist. 2001. Patterns of animal dispersal, vicariance and diversification in the Holarctic. Biological Journal of the Linnean Society 73: 345-390.

2000

Zink, R. M., R. C. Blackwell-Rago, and F. Ronquist. 2000. The shifting roles of dispersal and vicariance in biogeography. Proceedings of the Royal Society of London B 267:497-503.

Ros-Farré, P., F. Ronquist, and J. Pujade-Villar. 2000. Redescription of Acanthaegilips Ashmead, 1897, with characterization of the Anacharitinae and Aspiceratinae (Hymenoptera: Cynipoidea: Figitidae). Zoological Journal of the Linnean Society 129: 467-488.

1999

Ronquist, F. 1999. Phylogeny of the Hymenoptera (Insecta): The state of the art. Zoologica Scripta 28:3-11.

Ronquist, F. 1999. Phylogeny, classification and evolution of the Cynipoidea. Zoologica Scripta 28:139-164.

Ronquist, F., A. P. Rasnitsyn, A. Roy, K. Eriksson, and M. Lindgren. 1999. Phylogeny of the Hymenoptera: A cladistic reanalysis of Rasnitsyn's (1988) data. Zoologica Scripta 28:13-50.

1998

Ronquist, F. 1998. Phylogenetic approaches in coevolution and biogeography. Zoologica Scripta 26:313-322.

Ronquist, F. 1998. Three-dimensional cost matrix optimization and maximum cospeciation. Cladistics 14:167-172.

Ronquist, F. 1998. Fast Fitch-parsimony algorithms for large data sets. Cladistics 14:387-400.

Liljeblad, J., and F. Ronquist. 1998. A phylogenetic analysis of higher-level gall wasp relationships (Hymenoptera: Cynipidae). Systematic Entomology 23:229-252.

1997

Ronquist, F. 1997. Dispersal-vicariance analysis: A new approach to the quantification of historical biogeography. Systematic Biology 46: 193-201.

1996

Ronquist, F. 1996. Matrix representation of trees, redundancy, and weighting. Systematic Biology 45: 247-253.

Ronquist, F. 1996. Reconstructing the history of host-parasite associations using generalised parsimony. Cladistics 11: 73-89.

Nordlander, G., Z. Liu, and F. Ronquist. 1996. Phylogeny and historical biogeography of the cynipoid wasp family Ibaliidae (Hymenoptera). Systematic Entomology 21:151-166.

I guess Ronquist is our researcher of the month because he's been spent many years working on improving phylogenetic tools for analysis and for the development of software for phylogenetic research. I think MrBayes is one the outstanding tools for phylogenetic analysis, which allows us to analyse and generate hypothesis about how evolution has shaped living organisms' life on earth.


I must say, thanks Dr. Fredrick Ronquist for our efforts on this area of research: Phylogenetics.

Saludillos!

martes, 8 de diciembre de 2009

Google_Chrome for linux... ahh, finally

Well after a long time of no-posting attitude, now I'm pretty happy to announce that Google has implemented its great web navigator for linux: Google Chrome. I've been using Chrome for a couple of months in Windows Vista and I must say it's a good web browser. So I think would be nice to test it for linux (ubuntu in my case).

I encourage you to give it a chance to Google Chrome.
I attached an image that I took from Google Chrome website just depicting the great effort done to make Chrome available for linux users.

Best regards!



Saludillos!!

miércoles, 4 de noviembre de 2009

Gaceta Paleogenómica

Bueno sólo quiero dejarles este nuevo documento que distribuye el lab. de DNA antiguo, que parece interesante, pues señalan algunas cosas sobre los proyectos que están realizándose y en particular sobre la aprobación del financiamiento para el proyecto de DNA antiguo sobre restos humanos del
barrio de Teopancazco de la antigua Ciudad de Teotihuacan. "..Con esto se busca dar respuesta a varias interrogantes genéticas de los grupos que poblaron esta metrópoli", dice la gaceta y creo que es interesante en el futuro analizar los resultados que salgan de esta investigación, pues permitiría hacer inferencias sobre el movimiento y dinámica poblacional de dicho lugar en aquellos momentos.

Espero sea igual de interesante para ustedes como lo fue para mi.



Saludillos!

viernes, 30 de octubre de 2009

Introducing...

Bueno, les dejo en este post una imagen de mi nuevo widget de comentarios, aquí pueden dejar sus sugerencias acerca del blog, ya sea cosas de estética, algo que le falte o simplemente quejas o comentarios ajenos a cualquiera de las entradas que he escrito a la fecha, así no gastarán cartuchos escribiendo comentarios que no se relacionen a las entradas del blog.



Sólo ocupan poner su correo, nombre (o nickname) y si quieren el lugar donde se encuentran, luego ponen su comentario y ponen una clave de letras (la parte más difícil) y listo: los comentarios se van apilando uno tras otro y pueden checar todos allí mismo.

Espero la usen y dejen sus comentarios y sugerencias extra-entradas.

Saludillos!

miércoles, 28 de octubre de 2009

Nothing even little is useless... even in DNA

This is my first english-type post, so I hope you enjoy.

Figure 1.click on the image to get the abstract

It was so far accepted that dna-interacting proteins have to recognize some motifs within the DNA sequences that enable this interaction to be specific. It's been known that a DNA molecule is compose of two antiparallel strands that takes a defined tridimensional conformation and possesses two grooves within the molecule called the major groove and the minor groove. A particular sequence of nucleotide letters presents a unique array of hydrogen-bond donors and acceptors in the major groove, providing a clear mechanism for reading that sequence.


Recently, in a paper published in Nature the authors propose that not only the major groove but also the minor groove is responsible for dna-protein interaction due to the defined structure in the minor groove. Lets explain this in the next paragraph.

The width in the minor groove can vary depending on which nucleotides are present in segment of DNA. When the minor groove is narrow, the electric-field lines due to the negatively charged phosphates are focused into the groove, leading to a enhanced electrostatic potential within it (figure 2), allowing for residues like arginine present in the protein to interact with the minor groove. The authors also found that there are motifs of DNA sequences that results in a narrow minor groove, specially the so-called A-tracks (short runs of Adenine nucleotides) which have been implicated in DNA structure and nucleosome recognition.

Figure 2.The minor groove is directly involved in dna recognition.


In the paper cited above, it was used a equation to resolve the electrostatic potential of the minor groove and the difficulty of using this equation is that it requires high-resolution three-dimensional structures of proteins-DNA complexes.

After all, I encourage you to read the paper since it looks quite interesting, because, as many of the recent-published papers within the last months, this one shows us again that there are many stuff hidden in the DNA, waiting to be discovered.

Espero le entiendan, de cualquier forma les dejé los links para el paper y el comentario sobre éste (Figura 1).

Saludillos!!

lunes, 26 de octubre de 2009

Cómo hacer búsquedas en Pfam

Bueno por medio de este post quiero dar un pequeño tutorial de cómo se puede, a partir de una (s) secuencia (s) de aminoacidos de algún (os) gen (es) de interés realizar una búsqueda de dominios a nivel de proteína.

Pero, primero lo primero. ¿Cuál es la explicación detrás de la búsqueda de dominios en proteínas usando el sitio de Pfam? Pues a continuación lo describiré en palabras suaves y comprensibles.

Para empezar, todas las proteínas poseen una o más regiones funcionales, comúnmente denominadas dominios (domains, en inglés). Por tanto, determinar los dominios presentes así como su orden en la secuencia nos permitiría conocer un poco más sobre su función.

Pfam surgió un como un proyecto el cual contempla la creación de una base de datos de dominios presentes en familias de proteínas. Para lograr esto, Pfam utiliza el principio de múltiples alineamientos de secuencias usando modelos ocultos de Markov (HMMs, por sus siglas en inglés. Les dejo este PAPER para que descargen un pequeño paper que describe que es un HHM y sus aplicaciones).

Un Modelo Oculto de Markov, en resumidas cuentas, forma una base probabilistica por medio de la cual se resuelven problemas complejos. Básicamente se generan dos cadenas de información, la primera es el estado de la ruta subyacente (lo que no vemos, por ello es oculto [hidden]) y segundo, la secuencia observada, es decir el resultado de la transición. Si lo pudieramos ejemplificar con una secuencia de DNA, entonces diríamos que la secuencia observada es un cambio de Adeninda a Guanina, y el estado de la ruta estaría dado por la probabilidad de dicha transición. Otra cosa importante de los HMMs es que los estados actuales no dependen de los anteriores, es decir la probabilidad de cambio de un estado a otro no se ve influenciada por el cambio o estado anterior, así se van construyendo cadenas de Markov, que corresponde precisamente al estado de la ruta subyacente; por último, se dice que es un modelo oculto porque no conocemos el estado anterior, es decir si tenemos dos secuencias de dna que tiene un polimorfismo sólo conocemos el estado actual de cada de ellas, pero no la ruta de cambio de dio origen a dicho polimorfismo.

Regresando a Pfam después de este viaje por Markov, hablaremos de cómo está estructurada la base de datos en general. Pfam database se compone de dos niveles de calidad o control: Pfam-A y Pfam-B. Las primeras son generadas a partir de una base de datos de nombre Pfamseq, la cual se construye a partir de las versiones más recientes de UniProtKB. Cada familia de Pfam-A consiste en un alineamiento base (o seed, como se dice en inglés) debidamente corregido que contiene un pequeño set de miembros representativos de la familia (en este caso familias de proteínas claro está, con sus respectivos dominios), así como un perfil de búsqueda por HMMs construido a partir de esta base y un alineamiento completo automatizado, el cual contiene todas las secuencias de proteínas pertenecientes a dicha familia, definido por búsquedas usando perfiles de HMMs de bases de datos de secuencias primarias.

Las familias Pfam-B son familias no anotadas y de baja calidad, generadas a partir de clústers no redundantes obtenidos de un algoritmo conocido como ADDA que identifica dominios en alineamientos de secuencias de proteínas usando máxima verosimilitud. Este tipo de familias se utilizan cuando no se han reconocido dominios usando búsquedas con Pfam-A.

Las entradas en Pfam se clasifican como:

Familia:
Una colección de proteínas relacionadas

Dominio:
Una unidad estructural que puede ser encontrada en múltiples contextos proteícos.

Repetido:
Una corta unidad que es inestable de manera aislada pero que forma una estructura estable cuando múltiples copias están presentes.

Motivos:
Una corta unidad (secuencia) encontrada fuera de dominios globulares.

La base de datos de Pfam agrupa las entradas en clanes, y su relación puede ser definida por similitud en secuencia, estructura o por el perfil de HMM.

Bien, ahora que ya sabemos lo básico sobre Pfam. Es hora de empezar a trabajar con esta base de datos increible. Por cierto no olviden citarlos si alguna vez llegan a utilizar esta base de datos:

The Pfam protein families database: R.D. Finn, J. Tate, J. Mistry, P.C. Coggill, J.S. Sammut, H.R. Hotz, G. Ceric, K. Forslund, S.R. Eddy, E.L. Sonnhammer and A. Bateman Nucleic Acids Research (2008)Database Issue 36:D281-D288.

Podemos emplear Pfam para hacer una búsqueda de dominios de una, dos o todo un set de secuencias de aminoacidos de interés. Pero además, podemos ver estructuras de proteínas, revisar la clasificación de estas, o inclusive descargar toda la base de datos para búsquedas locales.

Figura 1. Página de inicio de Pfam

En fin, el interes de este post es sólo realizar una búsqueda de dominios usando ya sea una secuencia o un set de secuencias.

Primero, si queremos realizar una búsqueda de dominios de una secuencia, entonces ingresamos a la página de Pfam, y veremos un deplegado como el de la figura 1. De alli damos click en el link que dice "SEQUENCE SEARCH" y aparecerá a un costado derecho una caja de texto donde podemos pegar nuestra secuencia de aminoacidos. Si lo hacemos de esta manera, Pfam por default usa criterios de búsqueda convencionales, como valores de e=1, en cuyo caso seguro encontramos los dominios que buscamos y posiblemente algunos otros con valores muy bajos. En fin, después de meter la secuencia, Pfam nos mandará a una ventana donde nos dice cuál es el avance del trabajo que metimos de búsqueda (figura 2.).

Figura 2. Trabajo en espera

Si queremos buscar dominios en una secuencia, pero usando diferentes criterios como búsqueda local o global, o diferentes valores de e-value, entonces en la página inicial damos click en "SEARCH", localizado en la parte superior central. De alli nos mandará a una página (figura 3.) donde esta el recuadro para pegar la secuencia así como los parámetros que quieran modificar.

Figura 3. Búsqueda personalizada

Le damos luego a "submit" y nos mandará a la página que nos dice cómo va la chamba (figura 2.) y posteriomente nos lanzará a nueva página con los resultados de nuestra búsqueda los cuales se parecerán más o menos a los de la figura 4, donde les muestra los dominios con una figura muy pintorezca, así como una tabla con los valores del alineamiento y de la posición de los dominios en la secuencia, así como los valores de E, y los del alineamiento usando el perfil de HMM.

Figura 4. Resultados de la búsqueda de dominios

Si por otro lado, como en mi caso, tenemos un set de secuencias de aminoacidos de genes de los cuales quisieramos buscar dominios, entonces seleccionaremos una búsqueda avanzada en Pfam. Para ello, dentro de la misma ventana en SEARCH, al lado medio izquierdo hay otras opciones (figura 5.), seleccionamos la que dice "BATCH SEARCH", que de igual manera nos permitirá seleccionar los parámetros y subir el archivo que contiene nuestras secuencias. Ojo: hay que tener las secuencias en formato FASTA.

Figura 5. Batch search


Para este último caso, los resultados serán enviados vía correo electrónico. Y es una tabla que denota todos los parámetros, así como los valores para cada uno de ellos y es más o menos algo así:

Tabla 1. Resultados enviados por correo de la búsqueda de dominos


Espero este post les sirva para cuando quieran realizar búsquedas de dominios en sus secuencias de aminoacidos. Tambien pueden usar SMART, pero en lo personal, Pfam me gusta más por su interfaz y por que es más amigable para realizar búsquedas.

Saludillos!


Un poco de humor...



Saludillos!

miércoles, 14 de octubre de 2009

Nuestro personaje del Mes

Para este mes de Octubre de 2009, propongo tomar como "nuestro personaje del mes" a Joseph Felsenstein, cuyo nombre suena fuerte junto con quienes han contribuido en el estudio y análisis filogenéticos, así como la producción de software para análisis filogenético.



A continuación les pongo una pequeña biografía tomada de Wikipedia (y no es chafear) sobre su vida y estudios.

Tomado de Wikipedia: Joseph Felsenstein

Joseph "Joe" Felsenstein is Professor in the Departments of Genome Sciences and Biology and Adjunct Professor in the Departments of Computer Science and Statistics at the University of Washington in Seattle. He is best known for his work on phylogenetic inference, and is the author of Inferring Phylogenies, and principal author and distributor of the package of phylogenetic inference programs called PHYLIP. Closely related to his work on phylogenetic inference is his introduction of methods for making statistically independent comparisons using phylogenies (Felsenstein, 1985).

Felsenstein did his undergraduate work at the University of Wisconsin–Madison where he did undergraduate research under James F. Crow[1]. He then did doctoral work under Richard Lewontin in the 1960s, when he was at the University of Chicago[2], and did a postdoc at the Institute of Animal Genetics in Edinburgh[2] prior to becoming faculty at the University of Washington.

In addition to his work in phylogenetics, he is also noted for his work in theoretical population genetics, including studies on selection, migration, linkage, speciation, and the coalescent.

Honors include membership in the United States National Academy of Sciences and receiving the Darwin-Wallace Medal in 2008 (given every 50 years by the Linnean Society of London).

Y por si fuera poco les dejo un pequeño historial de publicaciones hechas por Joe, que sin lugar a dudas son tan complicadas como interesantes.


Fuente de las publicaciones: Workshop on Molecular Evolution

Felsenstein, J. 1973. Maximum-likelihood and minimum-steps methods for estimating evolutionary trees from data on discrete characters. Systematic Zoology, 22:240-249.

Felsenstein, J. 1978. Cases in which Parsimony of Compatibility Methods Will be Positively Misleading. Systematic Zoology, 27:401-410.

Felsenstein, J. 1981. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. J. Mol. Evol., 17:368-376.

Felsenstein, J. 1983a. Inferring evolutionary trees from DNA sequences. pp 133-150 in Statistical Analysis of DNA Sequence Data, Weir, B. S. and Dekker, M. (eds.). New York.

Felsenstein, J. 1983b. Methods for inferring phylogenies: a statistical view. pp 315 in Numerical Taxonomy, Felsenstein, J. (ed.). Berlin.

Felsenstein, J. 1983c. Parsimony in systematics: biological and statistical issues. Ann. Rev. Ecol. Syst. 14:313-333.

Felsenstein, J. 1984. Distance methods for inferring phylogenies: a justification. Evolution 38:16-24.

Felsenstein, J. 1985a. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39:783-791.

Felsenstein, J. 1985b. Confidence limits on phylogenies with a molecular clock. Syst. Zool. 34:152-161.

Felsenstein, J. 1988a. Phylogenies and quantitative characters. Ann. Rev. Ecol. Syst. 19:445-471.

Felsenstein, J. 1988b. Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. Ann. Rev. Gen. 22:521-565.

Felsenstein, J. 2004. Inferring Phylogenies. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.

Felsenstein, J. and H. Kishino. 1993. Is there something wrong with the bootstrap on phylogenies? A reply to Hillis and Bull. Syst. Biol. 42:193-200.

Felsenstein, J. and G. A. Churchill. 1996. A Hidden Markov Model approach to variation among sites in rate of evolution. Mol. Biol. Evol. 13:93-104.

Felsenstein, J., M. K. Kuhner, J. Yamato, and P. Beerli. 1999. Likelihoods on coalescents: a Monte Carlo sampling approach to inferring parameters from population samples of molecular data. In "Statistics in Genetics and Molecular Biology", ed. F. Seillier. IMS Lecture Notes-Monograph Series, volume 33. LAMARC.


Les dejo por último una liga hacia la página web que contiene 385 programas para llevar a cabo análisis filogenéticos, así como 52 servidores disponibles hechos por Felsenstein.

Así o más prolífico este personaje.

Saludillos!


martes, 13 de octubre de 2009

Algunos tips para mejorar...

Bueno a petición de algunos de mis compañeros bloggeros les dejo este post mini-tutorial html para hacer algunas cosillas interesantes a la hora de redactar un post, insertar imágenes, cambiar color, estilo y tamaño de letra, entre otras cosas.

He de comentar que este es un tutorial a partir de los comandos que usualmente yo uso, si existe alguna manera distinta de hacer las cosas, o bien, mejor o más rápida, entonces son más que bienvenidas en sus comentarios.

Primeramente les menciono que los comando en html siguen una regla muy simple: siempre hay un inicio y un final, es decir, hay un comando para iniciar el formato y cuando el texto que se está modificando termina, entonces se abre un comando de término del mismo. Para ello utilizaremos los signos "<" y ">", y dentro de ellos escribiremos el susodicho comando. Para efectos de poder ver la línea de comandos, sustituiremos los signos <> por los brackets [], respectivamente. Regularmente los comando de inicio van dentro de <>, y al final se escribe el mismo comando pero acompañado de un signo /, o sea: [comando]letras, texto[/comando]. No es necesario hacer espacios entre <> de las letras o demás comandos que estén fuera de ellos, no afecta esto al comando pues lo importante es lo que está dentro de los signos <>.

Cambiar fuente, color, tamaño y atributos de letra usando html.
Primero que nada, si desean, cuando escriben un post, cambiar la fuente pueden hacerlo utilizando el comando [font face="tipo de fuente"], luego escriben el texto que deseen que tenga esta característica y luego cierran el comando escribiendo [/font]. Recuerden cambiar los brackets por signos de <>.
Nota: si su ordenador no tiene instalado el tipo de letra que seleccionan, entonces no lo podrán ver en su post, por ello hagan una prueba o busquen la fuente instalada en su PC antes de seleccionarla.

Para cambiar tamaño de letra usan el comando [font size="tamaño de letra en número"] y terminan el comando usando [/font].

Para cambiar el color de texto usaremos el comando: [font color="código de color"] y cerramos el comando usando [/font]. Pueden buscar los códigos de colores en alguna pagina de html, o bien consultar esta que es mi favorita para estas cosas: Computerhope.com.

Para agregarle atributos como cursiva o negrita que son los más comunes, usaremos los comandos [i] y [b], respectivamente. No olviden terminar el comando usando [/i] y [/b], respectivamente.

Existen diferentes tipos de edición de texto, pero creo, en general, que estos son los más comunes.

Insertar links sobre textos
Para esto usaremos un comando un poco más largo pero sencillo. Primero lo que debemos tener en cuenta son dos cosas: ¿Cuál es el sitio web al cual queremos accesar? y ¿Qué nombre queremos usar para que sirva como link?.

Una vez seleccionadas estas dos cosas, usamos el siguiente comando:
[a href="dirección del sitio al que queremos ir"]Texto que servirá de link[/a].

Y listo, con eso tendrán una liga a un sitio web usando una línea de texto, como podría ser el nombre de la página o bien una palabra clave. Ejemplo usando la línea de comandos anterior: visita el blog de Grado Reactivo

Ahora si queremos que a la hora de click en el link nos abra una pestaña nueva del navegador en vez de ir al sitio desde la misma pestaña, simplemente agregamos despues de [a href="website" el comando target="_blank" y cerramos la línea de comandos, entonces quedaría algo así:
[a href="website" target="_blank"]link[/a]


Ahora hagamos la prueba usando este código para ir al sitio de Grado Reactivo. Y dando click en el siguiente link dará como resultado visitar dicho blog pero en una pestaña diferente:

GRADO REACTIVO


Nota: esta función también aplica cuando haces imágenes que sirven como ligas a sitios web.

Hacer links a sitios web usando imágenes
Para esto utilizaremos el siguiente comando:
[p align="left"][a href="El sitio web que queremos poner como liga"][img alt="titulo alterno de la imagen" src="dirección donde esta la imagen albergada" title="lo que quieres que aparezca cuando posiciones el mouse sobre la imagen sin dar click"/][/a][/p]
Si tienen dudas sobre esto, pueden consultar el post que hice hace algunos días titulado como poner imagenes con liga hacia otro sitio

Insertar imágenes en posts
Este es un comando fácil, sólo hay que especificar la dirección de correo donde está la imagen, y podemos cambiar el tamaño de la misma. Para ello utilizaremos el comando siguiente:
[img src="dirección web donde está la imagen albergada" width="número" height="número"]

Entonces, y con esto termino, no olviden cambiar los bracktes [] por signos <>. Espero les sea de utilidad este pequeño manualito de html. En lo personal, pensé que era muy complejo, pero una vez que te aprendes los comandos básicos lo demás llega más fácil. Bueno, si tienen algunas preguntas extras o más comando que quisieran aprender, pueden revisar estas páginas:
--> Tizag.com
--> w3schools.com

Saludillos!!

lunes, 12 de octubre de 2009

Un poco de cultura o.O y comicidad ociosa

Bueno, como algo cómico les dejo ahora un video (youtube kindly provided) sobre el origen, uso y ejemplos de la palabra FUCK en inglés, que la verdad son muy divertidos...


Espero nadie se ofenda, es humor del bueno; fuerte, pero aún bueno.




Saludillos!!

viernes, 9 de octubre de 2009

Ardi al descubierto: Estreño mundial en Discovery Channel


Siguiendo lo publicado en la revista Science sobre el descubrimiento y estudio del esqueleto parcial de una hembra de 4.4 millones de años apodada "Ardi," Discovery Channel presenta un estreno mundial el domingo, 11 de octubre, a las 21:00 horas. Este programa titulado ARDI AL DESCUBIERTO, documenta la intensa investigación realizada en los fósiles de un Ardipithecus ramidus, liderada por esta prestigiosa publicación.

La investigación, que comenzó en el desierto de Etiopía hace 17 años, ahora escribe un nuevo capítulo sobre la evolución del hombre, revelando los primeros pasos evolutivos de nuestros ancestros tomados luego de divergir de un antepasado común, que en su día compartimos con los chimpancés. El esqueleto de "Ardi”, las piedras, suelo, plantas y animales que formaban parte de su vida fueron analizados en laboratorios de todo el mundo, para que ahora los científicos publiquen sus descubrimientos en la prestigiosa revista Science.

"Ardi" es ahora el esqueleto mas viejo (homínido) de nuestra rama del árbol de la familia de los primates. Estos descubrimientos etíopes revelan un grado muy temprano de la evolución del hombre en África, anterior al famoso Australopithecus apodado "Lucy". El Ardipithecus era una criatura de ambientes boscosos con cerebro pequeño, brazos largos y piernas cortas. Tanto la pelvis como los pies demuestran su forma primitiva de caminar con las dos piernas en el suelo, aunque el Ardipithecus también era un excelente trepador de árboles, con dedos largos y grandes pulgares que le permitían agarrarse con los pies como un mono. Los descubrimientos responden a viejas preguntas sobre cómo los homínidos se convirtieron en bipedales.

El equipo de investigación internacional sopesó el alcance del proyecto y sus resultados: "Estos son los resultados de una misión científica a nuestro profundo pasado africano”, manifestó el geólogo y co-director del proyecto, Dr. Giday WoldeGabrie, del Laboratorio Nacional de Los Álamos. "La anatomía que describimos en estos documentos altera fundamentalmente nuestra comprensión de los orígenes del hombre y de su temprana evolución”, comentó el profesor C. Owen Lovejoy, especialista en anatomía y biología evolutiva de la Kent State University. Tim White, profesor de paleontología y co-director del proyecto del Centro de Investigación de Evolución Humana de la Universidad californiana de Berkeley, añadió: "El Ardipithecus no es un chimpancé. No es un humano. Es lo que solíamos ser”.

ARDI AL DESCUBIERTO comienza su historia con el descubrimiento en 1974 de un Australopithecus afarensis en Hadar, nordeste de Etiopía. Apodado "Lucy," este viejo esqueleto de 3.2 millones de años de antigüedad, era hasta aquel entonces el esqueleto homínido mas antiguo jamás encontrado. Conforme a los documentos especiales de Discovery Channel, este título le fue arrebatado a “Lucy” veinte años más tarde, concretamente en 1994, por el descubrimiento de "Ardi" en la región etíope de Afar. Un equipo de elite de expertos internacionales necesitó los quince años siguientes para ensamblar meticulosamente y con mucha delicadeza a “Ardi” y a su mundo perdido, con la intención de revelar su importancia y significado.

¿Quién es Ardi?
El equipo del proyecto Valle Inundado (“Middle Awash”) trabajó durante tres años para excavar el esqueleto de Ardi en un lugar llamado Aramis, situado en el valle del Rift de la región Afar de Etiopía. El esfuerzo de recuperación involucró el trabajo de docenas de científicos de todo el mundo.

Cuando el esfuerzo de recuperación del esqueleto finalizó en 1997, el equipo había recuperado más de 125 piezas de una hembra de 4.4 millones de años de antigüedad, el esqueleto homínido más viejo jamás encontrado.

Pertenecía a una nueva criatura que los científicos clasificaron bajo el nombre de Ardipithecus ramidus. El nombre proviene del lenguaje Afar en honor a los que todavía habitan el lugar. Ardipithecus significa “mono de tierra”, mientras ramidus significa “raíz”.

El descubrimiento de este bípedo de ambientes boscosos de 4.4 millones de años de antigüedad, con los caninos pequeños, se relaciona con nuestra anatomía y fisiología sexual única, incluso con nuestras familias y nuestra forma de caminar, todos podemos estar fundamentalmente ligados a él. Y de una forma mucho más ancestral de lo que jamás imaginamos.

¿QUÉ NOS APORTA ARDI?
- Ardi es el esqueleto homínido más viejo jamás localizado.

- Los primeros homínidos se desarrollaron en un ambiente boscoso.
- Ardi niega la teoría de que nuestro último antepasado común con los grandes monos se parecía a un chimpancé.

- La transición a la bipedalidad y el cambio en la función canina ocurrió bastante antes e independientemente después de la definición de las características de los homínidos.

- Los caninos pequeños en los Ardipithecus indican un cambio profundo en el complejo comportamiento social de los primeros homínidos.

- La bipedalidad debe haber formado parte de una adaptación más grande que proporcionó una ventaja biológica importante a los primeros homínidos.

No olviden verlo por discovery channel, se emitirá el domingo, 11 de octubre, a las 21:00 horas.

Saludillos!!

La visita de los nativos


Citado de NatGeo Channel:
Tradicionalmente, los antropólogos viajan por el mundo para estudiar cómo viven las tribus perdidas. Esta vez, intercambiaremos los roles: cinco nativos viajan al Reino Unido y a los Estados Unidos para explorar la vida moderna de occidente.

No te pierdas esta espectacular serie: ¡Conoce a los nativos!
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Sin lugar a dudas, National Geographic Channel es uno de los mejores canales de televisión dedicado a ofrecer programación relacionada con ciencia, naturaleza y entorno social, político y religios, entre otros. En lo personal quiero en este post describir un poco más sobre este nuevo programa de NatGeo llamado La visita de los Nativos.

Esta nueva serie trata acerca de un documental que describe la forma y estilos de vida de la cultura occidental, propiamente de Inglaterra y Estados Unidos, pero tiene un toque particular muy interesante: quienes describen la este documental son personas totalmente ajenas a esta cultura. Sí, me refiero a un grupo de cinco nativos del pacífico sur, pertenecientes a una isla cuyo nombre es Tanna, que fueron seleccionados para ahora ser ellos quienes dirigan un documental describriendo la forma y estilos de vida de los seres humanos de occidente.

Al principio parece algo descabellado, ¿Cómo que describir algo que ya se sabe? ¿O acaso no conocemos nuestro estilo de vida particular? Pero creo que conocerlo desde una perspectiva distinta, una manera de pensar totalmente diferente nos hace a nosotros pensar acerca de lo que somos y hacemos. Para los nativos de esta serie, todo es totalmente nuevo y distinto a lo que ellos están acostumbrados, inclusive la comida y la vestimenta: mientras que ellos sólo usan taparrabos y algunos aditamentos propios (ver imagen abajo), tienen que disponerse a vestirse como nosotros lo hacemos; no les quedó de otra.


Su forma de vida es totalmente distinta: conviven con la naturaleza y se sienten parte íntima de la misma. Creen que todos los animales son semejantes a ellos y los respetan. Crían perros para comida, mascota y compañera de caza. También tienen granjas de cerdos, aunque éstos son mucho muy pequeños comparados con los que nosotros tenemos. Tienen sus propios rituales religiosos, dentro de los cuales uno muy particular es el de fumar una hierba que los comunica con los espíritus (eso no es tan extraño, por acá se hace mucho o.O), y además tienen una amplia gama de bailes ceremoniales y lugares de azueto; hasta tienen su propia bebida, denominada "cava". Tienen su propio líder de la comunidad, sacerdote, médico, y bailarín experto.


En el primer capítulo de esta serie, los nativos fueron visitados y les obsequiaron una cámara
para grabar todo lo que corresponde al programa. Faltaba decir que uno de ellos habla inglés y es el encargado de narrar durante todo el programa. Partieron rumbo a Inglaterra y fueron hospedados por una familia que cría puercos, en donde se percataron que los "métodos" de crianza son algo distintos, especialmente los que tienen que ver con la reproducción animal. También pudieron visitar un bar y tomar algunas cervezas, algo similar a lo que ellos hacen, tomando cava. Estuvo tan interesante que hasta KFC pudieron comer.

Bueno, por el momento es todo lo que les puedo decir. Pero me gustaría invitarlos a que vean esta nueva serie de NatGeo, todos los miércoles a las 9pm (horario del centro de la República), pues nos esperan nuevas aventuras por ver con los nativos.

Si quieres conocer un poco más y ver algunas fotos así como conocer a los nativos más a fondo les dejo entonces esta liga a NatGeo, en la sección del programa La visita de los Nativos.

Fuente: NatGeo Channel
Saludillos!!

jueves, 8 de octubre de 2009

Cómo poner imágenes con liga hacia otro sitio

A petición de mi compañero bloggero Vic, les dejo un pequeño manual con código html para insertar imágenes que tengan la cualidad de servir como ligas (links) hacia un sitio particular de internet.

Primero, entrar en el sitio donde están las opciones para configurar blogger. Despues dar click en la pestaña que dice Diseño.

Allí, dar click en agregar gadget. Aparecerá una ventana emergente que tiene varias opciones para seleccionar tipos de gadgets. Alli dar click en el que dice HTML-Javascript.

Posteriormente, aparecerá un recuadro que pide escribir el título del gadget y un espacio en blanco para escribir los comandos. Allí es donde escribiremos el código HTML para hacer que una imagen sirva como link a un website.

Antes que nada debemos tener disponible una imagen albergada en algún sitio de internet que sea disponible de accesar por medio de una dirección de internet. Si queremos poner una imagen hecha por nosotros entonces podemos albergarla (hosting) en un sitio como Image Hosting, sólo le damos "browse" para buscar la imagen en nuestra computadora, luego seleccionamos la opción "remove size/resolution bar from thumbnail" y luego click en host it. Si quieren cambiar la resolución de la imagen también pueden hacerlo en la opción "resize image". Luego nos mandará a una página que contiene el link directo de la imagen.



Dentro del recuadro, entonces escribrimos lo siguiente:

[p align="center"][a href="LA DIRECCIÓN DEL SITIO" height="numero" width="numero"][img src="LA DIRECCION DONDE ESTA LA IMAGEN"/][/a][/p][center][/center]

Pueden cambiar la altura y el ancho de la imagen usando el comando width="numero" y height="numero", respectivamente, y los escriben despues de donde escriban la dirección del sitio web que quieren que haga link la imagen.

El comando center es para centrar la imagen en el contexto donde vaya a estar.

Por último, sustituyan los brackets "[]" por signos "<>", respectivamente.

Y listo, eso debería de ser suficiente para mostrar su imagen con cualidad de ligar a un website en particular.

Yo hice eso con la imagen de VIVA LA EVOLUCIÓN que está en la cabecera de mi blog.

Si tienen dudas o comentarios sólo háganmelo saber. Si ocupan más códigos o comando que interesen, háganlo saber también.

Saludillos!!

Fossil rewrites early human evolution

Fuente: Nature
By Rex Dalton
Les dejo la liga al sitio de Science con un video interesante, muy descriptivo sobre este hallazgo y las características del Ardipithecus así como de la importancia de este hallazgo y sus consecuencias en el pensamiento sobre la historia evolutiva del ser humano y nuestros parientes primates.

A 17-year investigation into a fossilized early human skeleton from Ethiopia culminated last week with 11 papers published in Science.

Detailed descriptions of the skeleton, of a fairly complete 4.4-million-year-old female, show that humans did not evolve from ancient knuckle-walking chimpanzees, as has long been believed. The new fossils of Ardipithecus ramidus — known as 'Ardi' — offer the first substantial view of the biology of a species close to the time of the last common ancestor shared by humans and apes. Like modern humans, Ardi could walk upright (see depiction) and didn't use her arms for walking, as chimps do. Still, she retains a primitive big toe that could grasp a tree like an ape1.

Previously, the oldest near-complete skeleton of an early human was the 3.2-million-year-old Australopithecus afarensis skeleton known as Lucy, also from Ethiopia. Because Lucy had many traits in common with modern humans, she didn't provide much of a picture of the earlier lineage between apes and humans, says Alan Walker, a biological anthropologist at Pennsylvania State University in University Park. The new A. ramidus "is so much more important — and strange", he says.

The earliest Ardipithecus, A. kadabba, lived around 5.8 million years ago in Ethiopia2. The other oldest known hominids are Orrorin tugenensis, from about 6 million years ago in Kenya3, and Sahelanthropus tchadensis, from at least 6 million years ago in Chad4 (see graphic).


In addition to describing the fossils, the Science papers provide details about the geology and palaeoenvironment of the discovery site, in the Afar desert 230 kilometres northeast of Addis Ababa. The research team, known as the Middle Awash Project, involves 70 investigators, 47 of whom are authors on the papers.

In 1992, team member Gen Suwa found the first specimen of A. ramidus near the Ethiopian village of Aramis. Within two years, enough fossils had been found to produce the first article that named and sketchily described the animal, from a total of 17 fossils5.

Some researchers have complained how long it has taken to publish work about the fossils. But Berhane Asfaw, a co-director of the Middle Awash Project at the Rift Valley Research Service in Addis Ababa, says: "We weren't interested in how many papers we could publish. Our interest was in the full chain of information; that produces the power of the work."

From more than 135,000 vertebrate bone or tooth pieces, the team identified 110 as being from A. ramidus, representing a minimum of 36 individuals. The fossils come from a sediment layer sandwiched between two layers of volcanic rock known as tuff — each dated to 4.4 million years ago, says a team led by Giday WoldeGabriel, of Los Alamos National Laboratory in New Mexico. Fossils in the sediments include plants, pollen, invertebrates and birds, which helped to pinpoint the woodland environment where Ardi lived.

Years of field work uncovered Ardi's skull, teeth, arms, hands, pelvis, legs and feet — all of which had to be painstakingly prepared. Ardi's skull was recovered crushed in more than 60 pieces that were broken and scattered about. The bone was poorly fossilized — so soft that each piece had to be moulded in a silicon rubber cast then digitized by computed tomography scans.

Ardi's hands and wrists don't show several distinctive chimp characteristics, such as some larger bones and a tendon 'shock absorber' system to withstand bodyweight, says team member Owen Lovejoy of Kent State University in Ohio. The foot, with its big toe sticking out sideways, would have allowed Ardi to clamber in trees, walking along branches on her palms. And her teeth show no tusk-like upper canines, which most apes have for weapons or display during conflict. "This is a major feature showing that Ardi is not in the lineage of modern chimps," Suwa says.

Woau! Muy interesante...
Lo dejo a discusión...
Saludillos!

miércoles, 7 de octubre de 2009

Mandriva Vs Ubuntu, a word from a experienced user...

Bueno, les dejo un pequeño comentario sobre un usuario Linux que nos detalla algunas de las cosas más interesantes que contrastan los pormenores de usar Ubuntu y/o Mandriva. Espero sea de utilidad y nos ayude a seleccionar el SO que más nos convenga.
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VS

I have used both of them for quite a long time and I think I can do a better and unbiased comparison... This is not a review so don't expect too much.. Just a small wrap up for people out there looking for newbie desktop... and a report to Mandriva community..

1. Hardware Support : Mandriva wins hands down.. It has lots of drivers and utils to fix it up.. Ubuntu has no proprietary drivers out of the box nor has better support in the repos..

Ubuntu has printer support out of the box [ootb] while Mandriva requires a lot of package installation in One edition... Ubuntu lacks intutive GUI tools like Mandriva..

If you messed up installing Graphics drivers and has Xorg.conf error.. Ubuntu has an automated Xorg default restoring utility that launches in case of error.. No similar thing in Mandriva .. Even drak3d didn't work..

After usage and in hardware fixing Ubuntu wins...

2. Software .. Mandriva has lots of tools and media plugins which Ubuntu doesn't have.. But Ubuntu has made some shrewed choice of Software .. Like providing full printer database ootb give a you ease of printer use...

Installing software .. Mandirva packagers did a lot to cope up with Ubuntu and has nearly same amount of package as Ubuntu or even have latest than Ubuntu... But as Ubuntu is the #1 distro all the leading Linux software providers provide package for Ubuntu with new relase.. You might have top wait for Mandriva..

Ubuntu and Mandriva has immaculate software collection surpassing both openSUSE and Fedora..

3. Community support.. Ubuntu no doubt has the biggest community support till date.. Any problem and you fill have your solution already discussed in Ubuntuforums.. On the other hand Mandirva has small yet powerful forum..

4. Multimedia and HD playback. : Both has better and quivalent video and HD playback. .Mandriva has ootb support for HD formats.. You might not found official packages for Mandriva in quite a few media player like XBMC and others..

5. Compiz and 3d accelaration.. I don't know why but Compiz has faster response in Ubuntu.. Even AWN works better and zipper in Ubuntu.. I am using the same driver in Ubuntu...

If you don't have supported graphics adapter Ubuntu will not allow you to enable 3d effect and will ask you to install restricted drivers .. There is no such thing in Mandirva , or you can messed up system while enabling 3d Desktop if you don't have supported hardware.. After that you have to use command like drak3d to fix it up..

6. Repositories and Upgrading : Mandirva has limited repos. .. Few additional repositories like easyUprmi and MIB are worth using.. Limited repos are worth it . .updating and remembering them is easy.. Mandriva packagers do update latest software in the current/future repos... Thats the best thing I like ..

While in Ubuntu there are lots of repos. [PPA] ... Ubuntu guys don't updates software [only core s/w and fixes] in the current or older relase.. Ubuntu hardy still doesn't have Banshee 1 in the repositories.. Ubuntu guys update future repos rather than syncing older one..

I am using Intrepid Ibex and has no updates from GIMP, Pidgin and OpenOffice.. Though I have installed latest OOO but still having older software in system might create some problem.. While this in not the case with Mandirva...

Ubuntu has got some serious kernel regression while Mandriva has never faced this issue Smile

Updating/Adding a newly released desktop environment in Ubuntu is childs play. Grab the repo update and install.. While setting up cooker is a tough job...

7. Ubuntu has better notification than Mandirva. After update it suggest you to restart application if needed [like firefox] or restart system.. While Mandriva only suggest restarting system... Ubuntu pop ups appears at icon [like update icon] .. Mandriva pop up appear on top left side though the icons are located in different pos...

8. Mandriva mount all kind of drives/partitions by default while you have to edit fstab in Ubuntu..

9. Look and Feel : Mandirva has always be the best looking desktop out there.. Whether its font selection or theme Mandriva beat Ubuntu in this segment ..


Both of the distro has their own problems but Ubuntu obviously has an upper hand over Mandriva. But Mandriva isn't that far.. If you want a solid KDE experience than Mandriva is the choice. Ubuntu has its own stronghold..ease of package availabilty and upgrading options make Ubuntu an ideal choice.. Mandriva current release has more problems which might get fixed in 2009.1 .. So hoping better Mandriva release next time.. Till them I am Buntu Razz

Regards
Fuente: Mandriva vs Ubuntu

Ahora, uniéndome a la grilla que hace algúnas semanas comenzó, pienso que sería conveniente probar Ubuntu en la apocomputadora de lab. Creo que se podrían resolver algunos problemillas con varios programas y que además existe una red de soporte vía foros en línea más abundante para Ubuntu, aunque a fin de cuentas también puedan servir para Mandriva. Yo espero sus comentarios pues con esto seguro enriqueceremos la plática y serán aclarados algunos puntos.

Pd.: Espero pronto terminar mis secuencias porque mandriva me juega malas pasadas con Seaview, pero no me voy nomás por el monitor a gran escala que tiene la PC.

Saludillos!

Medidas preventivas...

Les dejo aquí un reporte "gráfico" sobre las medidas preventivas contra la influenza "FASE 5" que se están tomando en el rubro de la administración en el gobierno de los estados con mayor índice de casos de influenza AH1N1.

¿Llegaremos a aplicar este tipo de medidas en Cinvestav Irapuato? Vamos a parecer plantas infectadas con Agrobacterium

Nature

Science

Molecular Biology and Evolution - current issue

Genes & Development